Congrès - Recherche d'activité

L’oxygène a un effet très important sur la survie des bactéries
probiotiques anaérobies. En présence d’oxygène, les lipides membranaires
de ces microorganismes peuvent s’oxyder provoquant un changement de la
perméabilité passive des membranes résultant en leur inactivation. Néanmoins,
dans une étude récente, la croissance en présence d’oxygène d’une souche anaérobie
stricte, Lactobacillus helveticus R0052, a été stimulée de façon
importante par l’ajout d’extrait de thé vert (ETV) dans le milieu de culture. Dans
la présente étude, les effets de la concentration en ETV (0 à 2000 µg/mL) et de
la présence d’oxygène sur la croissance de cette souche et sur l’ordre des
phospholipides des  membranes bactériennes
ont été évalués. Les résultats obtenus montrent une croissance plus faible des
bactéries en conditions aérobies qu’en absence d’oxygène. La présence d’oxygène
durant la croissance a aussi provoqué une diminution de l’ordre des lipides
membranaires. De plus, une stimulation de la croissance des bactéries ainsi
qu’une diminution de l’ordre des lipides membranaires ont été observées aux
concentrations d’ETV de 250 et 500 µg/m. Par contre, à 2000 µg/mL d’ETV, la
croissance en absence d’oxygène a été légèrement inhibée tandis qu’elle a été
stimulée de façon significative en conditions aérobies. Une augmentation
importante de l’ordre des lipides membranaires est aussi survenue à cette
concentration d’ETV dans le milieu.

La plupart des toxines insecticides de Bacillus thuringiensis (Bt) perméabilisent la membrane intestinale des insectes sensibles en formant des pores peu sélectifs qui abolissent le potentiel électrique et les gradients ioniques au niveau de cette membrane. La destruction du tissu intestinal qui en résulte entraîne une septicémie, puis la mort de l'insecte. Plusieurs de ces toxines ont été étudiées en utilisant des vésicules purifiées de la bordure en brosse intestinale d’insectes sensibles. Malheureusement, la membrane intestinale de beaucoup d’insectes sensibles aux toxines de Bt ne forme pas des vésicules suffisamment étanches. Le présent travail vise donc à développer une technique de production de liposomes et de protéoliposomes suffisamment étanches pour l’étude des effets de ces toxines. La perméabilité de ces vésicules artificielles est évaluée avec des expériences de gonflement osmotique fondées sur des mesures de diffusion de la lumière. Elle est également détectée en mesurant l’abolition du potentiel membranaire à l’aide de DiS-C₃(5), une sonde fluorescente sensible au potentiel membranaire, ou le relargage de molécules fluorescentes telles que la carboxyfluorescéine préalablement emprisonnées dans les vésicules. Le rôle d’éventuels récepteurs membranaires dans l’efficacité et la spécificité des toxines sera examiné en incorporant dans ces vésicules artificielles des protéines et des lipides de la membrane intestinale provenant d’insectes ravageurs.

Bien que le besoin et le désir soient souvent associés, ils sont indépendants et peuvent être dissociés. En effet, le besoin est lié à un écart par rapport aux états préférés que les êtres vivants ont tendance à occuper afin de réduire l'entropie, tandis que le désir est lié à la prédiction de récompense et à la dopamine. L'interaction et l'indépendance entre besoin et désir en matière de fonctionnement cérébral ne sont pas si définies, et on ne sait pas vraiment pourquoi parfois il y a association et parfois dissociation. Afin d’étudier cette question, nous avons utilisé une approche computationnelle et avons trouvé que : (1) la tendance à occuper les états préférés est influencée par les états de besoin, indépendamment de la prédiction de récompense, ce qui montre une dissociation entre besoin et désir; et (2) l'entropie est plus réduite en présence d'une récompense menant à l'état préféré qu'en son absence, ce qui suggère que le besoin peut amplifier la valeur d’une récompense et éventuellement sa prédiction et donc le désir. Ainsi, le besoin semble rendre saillanta les stimuli, actions, ou choix qui mènent à l’état préféré lorsqu’on en est éloigné, et cet effet de saillance est indépendant du désir (prédiction de récompense). Toutefois, le besoin amplifie le désir si, et seulement si, ce dernier est porté vers une récompense qui réduit l’entropie en menant vers l'état préféré.

Dictyostelium discoideum est un protozoaire ubiquitaire des sols humides dont l’alimentation se résume principalement à l’ingestion de bactéries. Certains micro-organismes internalisés peuvent toutefois résister à la dégradation enzymatique dans les lysosomes de l’amibe et être enrobés dans des corps multilamellaires (CML) puis excrétés dans l’environnement. L’enrobage de bactéries est connu pour protéger les bactéries ainsi enveloppées contre différents stress environnementaux et est suspecté de contribuer à la propagation bactérienne. L’objectif de la présente étude, en utilisant l’amibe modèle Dictyostelium discoideum, est de déterminer le mécanisme d’enrobage de bactéries qui demeure encore inconnu. Ainsi, quatre protéines majeures des CML ont été identifiées par SDS-PAGE et spectrométrie de masse, dont la protéine Gp17. La présence de cette protéine sur les CML a été confirmée en microscopie à fluorescence à l’aide d’un anticorps spécifique. De plus, l’analyse protéomique des CML a permis d’identifier des épitopes potentiels reconnus par l’anticorps H36, un second anticorps ciblant les CML. La découverte de ces marqueurs des CML permettra d’étudier la formation de ces structures au niveau moléculaire chez l’amibe. Une meilleure compréhension des processus liés à la formation des CML pourra ultimement permettre d’évaluer le rôle de l’enrobage bactérien dans la survie et la propagation bactérienne en milieu environnemental.

Le Lipopolysaccharide (LPS) d’E. coli est un puissant inducteur de la réponse inflammatoire et immunitaire dans les macrophages. Modèle par excellence pour l’étude des mécanismes régulant l’activation des macrophages au niveau transcriptionnel. Cependant, le rôle du LPS dans l’activation traductionnelle de ces cellules n’a pas été clairement caractérisé. Notre objectif est de déterminer si le LPS module la traduction des ARNs messagers des macrophages et de caractériser les mécanismes moléculaires. A cette fin, des lignées de macrophages humains et murins, ainsi que des macrophages primaires ont été stimulés avec le LPS et la régulation des transcrits a été observée par un marquage radioactif, l’analyse des profils de polysomes, microarray, RT-PCR et immunobuvardage. Nos résultats ont montré une augmentation de la synthèse protéique de novo, qui a lieu à l’initiation de la traduction. Ceci induit la production de cytokines pro-inflammatoires, de facteurs de transcription, de chimiokines et de molécules microbicides. De plus, le LPS active fortement les macrophages déficients en 4E-BP1/2 en augmentant la production d’oxyde nitrique et d’IL-12. Par ailleurs, l’utilisation d’inhibiteurs spécifiques des voies signalétiques mTORC1 et MNK1/2 montre leur implication dans l’activité microbicide des macrophages induite par le LPS. Nos études visent à identifier des régulateurs traductionnels qui pourraient devenir des cibles thérapeutiques lors des réponses inflammatoires exacerbées.

Étude d'ARN noncodant régulant des gènes impliqués dans la synthèse d’un nucléotide avec modifications multiples.

Aurélie Devinck, Katia Smail, Mohammad Reza Naghdi, Jonathan Perreault¹

1: INRS-Institut Armand-Frappier, Laval, Quebec

Nous avons utilisé différentes approches bioinformatiques afin de trouver des ARN noncodants. Cette étape nous a permis de sélectionner différents candidats qui seront par la suite testés expérimentalement. Pour la recherche bioinformatique nous nous sommes plus particulièrement focalisé sur des gènes avec une fonction proche, et possiblement régulés par les mêmes éléments. Pour cela nous avons utilisé la base de données RiboGap (http://ribogap.iaf.inrs.ca), qui a été développée au sein de notre laboratoire pour extraire les régions non traduites (UnTranslated Regions, UTR) situées en amont des gènes ciblés. Après cette analyse bioinformatique initiale, nous avons choisi d'étudier plus spécifiquement un motif se trouvant en amont de l'opéron gidAB. L’enzyme GidA effectue une modification de l'uridine préalable à la dernière étape de synthèse du nucléotide modifié, une méthylation faite par le gène mnmC. L'enzyme GidB code pour une methyltransferase d'ARNr. Les motifs d’ARN seront validés par une méthode d'analyse in-vitro, le in-line probing, qui se base sur la dégradation naturelle des ARN en fonction de leur structure.

La présence de la tordeuse des bourgeons de l’épinette, Choristoneura fumirefana, est l’un des plus grands problèmes de l’industrie forestière au Canada. Cet insecte qui fait des ravages sur des cycles d’environ 25-35 ans, affecte considérablement l’approvisionnement en matière ligneuse. Malgré les nombreuses recherches portant sur cet insecte, les connaissances sur l’augmentation, la progression et le déclin des épidémies demeurent encore au stade d’hypothèse. Durant une infestation, la qualité nutritionnelle des arbres varie, ce qui affecte directement la performance de l’insecte. Dans certains cas, la qualité alimentaire peut créer une pression de sélection importante.

L’objectif de la présente étude consiste à identifier les différentes stratégies adaptatives chez la tordeuse des bourgeons de l’épinette en réaction aux variations de sucre et azote. Afin de minimiser la variation environnementale, on analyse 15 000 individus provenant de deux diètes artificielles sur deux générations. La première diète est de bonne qualité lors que l’autre simule les conditions nutritionnelles lors d’une épidémie. Les résultats obtenus montrent que la qualité nutritionnelle affecte plus les femelles que les mâles, les caractères impliqués à court temps sont　: le poids et la durée vie. Cependant, il semble que la fécondité et la survie hivernale possèdent une grande variance additive. Ces caractères sont possiblement deux stratégies importantes dans l’évolution de cet insecte.

Dans le but d’obtenir des légumes fermentés stables, ne nécessitant pas de pasteurisation, l’industrie utilise des ferments depuis une vingtaine d’années. Leur utilisation accompagnée de technologies de fermentation permettait d’offrir des produits standardisés d’année en année tout en évitant la pasteurisation nécessaire aux fermentations spontanées. Récemment, l’apparition de levures acido-résistantes responsables de fermentations secondaires a posé un nouveau problème à l’industrie. Notre équipe a donc avancé l’hypothèse que des biofilms fongiques pourraient être à l’origine du problème. Des fermentations spontanées et avec ferments ont été suivis et des échantillonnages de surfaces de cuves après fermentation et lavage ont été réalisés. Les levures isolées ont été suspectées être acido-résistantes et productrices de biofilms.

Ces levures, après identification, ont été inoculées dans des réacteurs CDC contenant des coupons d’acier inoxydable à des taux de 2 et 4 log/CFU/ml et les comptes ont été suivis sur des périodes de 10 jours tant dans les bouillons de jus de chou que sur les coupons et ce avec ou sans ferment. Les résultats démontrent que les levures sont hautement capables de développer des biofilms sur l’acier inoxydable et qu’elles sont peu ou pas influencées par la présence de ferments. De plus, elles ont une préférence spatiale à l’interface air-liquide.  Pour l’industrie, ceci confirme que l’apparition de biofilms doit être contrôlée.

Les virus sont des experts pour modifier l’homéostasie cellulaire. Récemment, plusieurs groupes ont démontré que quelques virus pouvaient modifier l’épissage alternatif (ÉA) de certains transcrits cellulaires. Puisque l’ÉA possède un rôle important de régulation, nous avons émis l’hypothèse que ces changements d’épissage causés par des virus pourraient être beaucoup plus importants. Pour étudier la modulation de l’ÉA des transcrits cellulaires, des cellules L929 contrôles et infectées avec Réovirus ont été analysées par séquençage d’ARN à haut-débit pour caractériser l’ensemble des événements d’ÉA. Nos résultats ont permis d’identifier 240 événements d’ÉA modifiés de manière statistiquement significative (q<0,05) touchant 194 gènes. Nous avons par la suite investigué la cause de ces changements. Premièrement, le facteur d’épissage ESRP1 est surexprimé au-delà de 40 fois suite à l’infection. Une expérience de co-culture a permis de déterminer que la surexpression d’ESRP1 ne nécessite pas la présence de Réovirus, mais plutôt la réponse immunitaire cellulaire liée à l’infection virale. Cependant, le présence de Réovirus est nécessaire pour induire les changements d’épissage dans 10 gènes précédemment identifiés. Nous avons démontré que Réovirus induit des changements d’épissage alternatifs chez la cellule-hôte et que cette modulation ne semble pas provenir de la réponse immunitaire cellulaire mais semble plutôt nécessiter la présence du virus.

Dbp4 est une enzyme nucléolaire qui joue un rôle essentiel dans la maturation de l’ARN ribosomique 18S. Comme toutes les ARN hélicases de la famille « DEAD-box », Dbp4 contient neuf motifs conservés formant le cœur catalytique de l’enzyme qui est flanqué par des extensions N- et C-terminales. Nous avons déjà montré que l’extension C-terminale est essentielle à la fonction de Dbp4 et que cette région contient un motif « coiled-coil » conservé chez tous les orthologues de Dbp4.

Nous voulons identifier les acides aminés de l’extension C-terminale qui sont essentiels à la fonction de Dbp4. Nous utilisons un système génétique qui permet de moduler l’expression de Dbp4 (ON/OFF). En situation OFF, la cellule ne peut survivre, sauf si elle est complémentée par un plasmide encodant une Dbp4 recombinante ; celle-ci se distingue de l'enzyme endogène par la présence d’un "tag" HA à l’extrémité C-terminale. Nous avons généré une banque de plasmides portant des mutations aléatoires dans la partie C-terminale de Dbp4-HA. Nous avons identifié des clones qui sont viables lorsque Dbp4 endogène est exprimée (situation ON) mais qui ne peuvent être complémentés par Dbp4-HA mutante.

Nos résultats préliminaires montrent qu’environ la moitié des clones létaux produisent une Dbp4 tronquée. Nous avons entrepris le séquençage des clones de pleine longueur pour déterminer si les mutations se regroupent dans des segments très conservés de l’extension C-terminale, comme le motif coiled-coil.

Plusieurs signaux électromyographiques (EMG) sont requis pour profiter pleinement d’une prothèse moderne du membre supérieur alors que l’amputation a réduit le nombre de muscles  disponibles. Toutefois, comme le biceps brachii (BB) est formé de 6 compartiments individuellement innervés, si une activation volontaire de chacun d’eux était possible, le nombre de signaux de contrôle provenant de ce muscle serait alors multiplié. Pour explorer ceci, 10 signaux EMG ont été captés autour du biceps contracté de 10 sujets normaux alors que leur bras droit et leur main prenaient différentes positions. La valeur quadratique moyenne (RMS) de ces signaux a été associée, dans un modèle circulaire du bras, à la présence d’un maximum de 6 dipôles de courant. La position angulaire et radiale ainsi que l’intensité relative de ces dipôles ont servies dans des simulations où l’humérus, les muscles, le gras et la peau du bras était modélisés par 4 cylindres concentriques. Une bonne correspondance a été obtenue entre les valeurs RMS expérimentales et le résultat des simulations.  Avec l’hypothèse que les compartiments du BB sont d’égales surface et placés côte-à-côte à l’intérieur du muscle, les dipôles se sont retrouvés plus souvent dans 2 compartiments correspondant soit au chef court ou au chef long du biceps selon que le bras était plié ou en position étendue. Suite à  un traitement de ces signaux, il apparait donc que 4 différents signaux de contrôle puissent être obtenus du biceps brachii.

Problématique : Salmonella est une bactérie dont plusieurs sous-espèces posent des enjeux importants pour la santé humaine et animale. Cependant, aucune étude n’a caractérisé Salmonella dans les cheptels ovins du Québec. Pourtant la consommation de la viande ovine est classée 4^ème au Québec et cette province détient le 2^ème plus grand cheptel ovin canadien.

Objectifs : Cette étude vise à estimer, pour la première fois, la prévalence des troupeaux ovins porteurs de Salmonella au Québec, à identifier les sérotypes prédominants et à dresser le profil d’antibiorésistance de cette bactérie dans ces troupeaux.

Méthodologie : 61 fermes ovines ont été échantillonnées à l’échelle provinciale pour ce projet. Un pool de matière fécale de 10 animaux a été prélevé par ferme. La dilution de chaque échantillon a été faite pour l’ensemencement sur des milieux sélectifs afin d’isoler Salmonella spp. La présence de Salmonella a été confirmée par des tests biochimiques et les sous-espèces ont été identifiées par PCR multiplex ciblant 6 gènes. Le séquençage du génome entier des souches permettra d’identifier les sérotypes dominants et d’étudier l’antibiorésistance chez ces souches.

Résultats préliminaires:  Notre étude a démontré que 83,6% des troupeaux ovins du Québec sont porteurs de Salmonella, avec S. diarizonae étant la sous-espèce prédominante. Les résultats de ce projet permettront d’évaluer l’importance de Salmonella en santé ovine et publique.

Les bio-minéraux sont partout dans le monde, sous forme de coraux, d’os ou encore de roches. La bio-calcification est un procédé d’amélioration de sols en place inspiré de processus naturels, qui utilise des microorganismes pour produire de tels minéraux inorganiques. Depuis le début du 21^ème siècle, plusieurs chercheurs ont développé cette biotechnologie novatrice basée sur l’injection de bactéries, de nutriments et de sels de calcium, qui conduisent à la formation de calcite. Celle-ci crée ainsi une cohésion entre les particules du milieu granulaire et conduit à l’amélioration des sols en place.

Dans le domaine géotechnique, plusieurs recherches ont été axées sur le phénomène de l’érosion interne de matériaux granulaires. Des travaux portant sur la suffusion et l’auto-filtration ont fait l’objet d’études antérieures et la plupart des auteurs ont proposé des essais expérimentaux et des modélisations numériques permettant de quantifier la susceptibilité des sols vis-à-vis de ce phénomène. Pour lutter contre l’érosion interne, des techniques de filtres ont été développées et sont maintenant intégrées dans la conception des ouvrages en remblai. Toutefois, dans le cas d’un filtre déficient ou de l’absence de filtre, il n’existe pas de solution faiblement intrusive permettant de lutter contre le phénomène de l'érosion interne. Face à cette problématique, l’étude vise à démontrer le gain de résistance à l’érosion interne dans des sols granulaires traités par bio-calcification.

Le Macacine herpesvirus 1, ou virus B (BV), est un virus de macaque très neurovirulent pour l’Homme et mortel dans 80% des cas si aucun traitement n'est administré. La protéine UL24 du virus herpès simplex de type 1 (VHS-1), dont l’hôte naturel est l’Homme, a un rôle important dans la neurovirulence et la réplication virale et est conservée parmi tous les Herpesviridae. In fine, par une stratégie d’étude comparative des protéines UL24 de ces deux virus, nous souhaitons découvrir de nouvelles fonctions d’UL24 expliquant son rôle dans la pathogenèse.

Un vecteur codant la protéine BV-UL24 a été transfecté transitoirement en cellules épithéliales de singe. Nos résultats préliminaires montrent qu'après 24h, BV-UL24, tout comme VHS-1-UL24, est détectée à travers toute la cellule (au noyau, en périnucléaire, sous forme ponctuée dans le cytoplasme et à la membrane cytoplasmique).  Par ailleurs, BV-UL24 semble induire la dispersion de la nucléoline, une protéine impliquée entre autres dans la synthèse et la maturation des ribosomes, tout comme VHS-1-UL24 induit une telle dispersion via son motif endonucléase, qui est parfaitement conservé chez BV-UL24. Enfin, bv-ul24 possède deux codons d'initiation de la traduction dans le même cadre de lecture ouvert et code potentiellement pour deux protéines.  Le rôle distinct de celles-ci, et de leurs homologues du VHS-1, sera étudié par mutagénèse dirigée afin d'avoir une meilleure compréhension du rôle de bv-ul24 dans l'infection.

Methylobacterium extorquens est une bactérie en mesure de métaboliser le méthanol, une matière première bon marché qui peut être dérivé de déchets. Cette bactérie est donc un organisme modèle pour l’étude du métabolisme des composés à un carbone. Malgré les intérêts grandissants d’utiliser cette bactérie comme un outil biotechnologie pour la production basé sur le méthanol, les ARN noncodants de ce méthanotrophe sont peu connus. Les petits ARN (sARN) jouent un rôle important dans la régulation des gènes, spécialement chez les protéobactéries comme Escherichia coli, ce qui leur permettent de répondre rapidement à des changements environnementaux. Étant donné que M. extorquens est aussi une protéobactérie, on s’attend également à ce que cette bactérie possède de nombreux sRNA, mais ils ont été peu étudiés jusqu’à maintenant. Le but de mon projet est de découvrir de nombreux nouveaux sRNA chez M. extorquens et de les confirmer. Nous avons effectué une étude transcriptomique par RNA-seq, ce qui nous a permis de prédire de nombreux candidats de sRNA chez M. extorquens, que nous avons par la suite confirmés par Nothern blot. L’expression de ces sRNA ont été étudiés dans diverses conditions de croissances en utilisant différentes source de carbone, telle que le méthanol et l’acide succinique. 

Selon les derniers modèles associés aux changements
climatiques, l'augmentation des températures sera caractérisée par des fluctuations
importantes de la température (i.e. pulses de température). La réponse des
organismes face un tel stress thermique est très peu connue et difficile à
prédire en raison des effets directs et indirects (via le niveau trophique
supérieur ou inférieur) de la température sur chaque niveau trophique. Dans cette
optique, nous avons réalisé des expériences en chambre de croissance pendant
lesquelles nous avons exposés un système tritrophique
(poivron-puceron-coccinelle) à des pulses de température. Nos résultats
démontrent que plus les pulses sont fréquents et intenses moins les pucerons
sont abondants en raison d’une diminution de leur fécondité. En revanche, le
contrôle des populations de pucerons par les coccinelles diminuent fortement lorsqu’on
augmente les pulses de température. Les pulses ne semblent pas avoir d’effet
sur la biomasse des plants de poivron. Dans l’ensemble, nos résultats suggèrent
un effet négatif des pulses de température sur l’abondance des pucerons et sur
leur contrôle par les coccinelles. Notre étude met aussi en évidence la
difficulté de distinguer les effets directs des effets indirects des
changements climatiques sur des systèmes complexes à plusieurs niveaux trophiques.

Au cours des dernières années, l'industrie forestière québécoise a commencé à se transformer et s'adapter à de nouveaux marchés en produisant des produits innovateurs à partir d’extraits de la biomasse forestière. La composition exacte de ces extraits n'est pas toujours connue, il est donc difficile pour ces entreprises de tirer profit des composés bioactifs. Le projet proposé vise à caractériser les composés présents dans l’écorce de neuf extraits végétaux forestiers québécois ayant une activité antioxydante, telle que les alcaloïdes et les polyphénols. Pour ce faire, une méthode d'extraction liquide-liquide spécifique et de purification des neuf extraits à ces composés a été développée, afin d’étudier leur activité antioxydante ainsi que de caractériser et quantifier les composés bioactifs présents. On observe une différence d’activité antioxydante dans les diverses espèces d’arbres étudiés qui a été mesuré par deux techniques de quantification (spectrophotométrie et bioautographie). Au final, ce projet permettrait une avancée dans le domaine, puisque la présence d’alcaloïdes dans les arbres québécois a peu été étudiée jusqu’à maintenant. De plus, l’extraction de ses composés naturels bioactifs est très pertinente dans le domaine pharmaceutique.

Le syndrome du museau blanc (SMB), une maladie du derme causée par le champignon Pseudogymnoascus destructans (Pd), a décimé des millions de chauves-souris depuis 2007. Certaines espèces comme la grande chauve-souris brune (Eptesicus fuscus, EPFU) sont toutefois résistantes à la maladie qui sévit durant l’hibernation. Le microbiote de la peau (c’est-à-dire l’ensemble des microorganismes vivant en association avec un hôte) pourrait jouer un rôle important dans la survie des EPFU face au SMB, or celui-ci n’a jamais été examiné en relation avec Pd. L’objectif de cette étude est d’explorer le microbiote cutané d’EPFU exposées à Pd lors de la période d’hibernation afin de comprendre son potentiel dans la résistance. En janvier 2017, nous avons caractérisé le microbiote de la peau d’EPFU infectées et non infectées par Pd à l’aide du séquençage haut débit du gène de l’ARN ribosomal 16S. En accord avec l’hypothèse de résistance chez cette espèce, le microbiote de la peau n’était pas différent entre les individus Pd positifs et Pd négatifs. De plus, des bactéries au potentiel anti-Pd étaient hautement abondantes dans le microbiote cutané des individus. À la lumière de ces résultats, le microbiote pourrait contribuer à la résistance au SMB et devrait être considéré dans la recherche de solutions à la maladie.

L’apport élevé en sodium chez l’humain augmente les risques de développer des problèmes d’hypertension artérielle. Santé Canada propose donc  de réduire sa teneur dans les aliments transformés. Or, le sel est reconnu pour moduler la croissance et l'activité microbienne dans les aliments. Diminuer la quantité de sel dans le fromage de type Camembert pourrait donc entraîner des défauts de texture et de saveurs. Cette étude a pour objectif de déterminer si la croissance et l’activité de P. camemberti sont modifiées lors d’une réduction de la teneur en NaCl ou par sa substitution partielle par le KCl. La variation intraspécifique de la résistance au NaCl et KCl chez P. camemberti a été évaluée sur milieu de culture et caillé modèle Camembert. En parallèle, la cinétique d’incorporation de ces sels a été étudiée dans un Camembert industriel saumuré. Les résultats ont démontré que la croissance des différents isolats est similaire en fonction des concentrations de sel (0 à 3 %) avoisinant la teneur en NaCl moyenne (2 %) du Camembert. Sur caillé modèle, l’optimum de croissance se situe à 1 % de NaCl ou de KCl, ce qui est légèrement inférieur à la teneur en NaCl moyenne du Camembert. La vitesse de diffusion des sels dans le Camembert industriel a démontré que le KCl s’incorpore plus rapidement que le NaCl,  que le ratio de NaCl et de KCl dans la saumure n’était pas identique à celui dosé dans le fromage et que la concentration en sel varie en fonction du temps d’affinage.

Les méningo-encéphalites chez les animaux sont dues en particulier à des agents pathogènes viraux et bactériens, mais l'étiologie parasitologique est moins fréquente; avec le réchauffement climatique,  de grands changements dans le biotope de la faune aquatique sont apparus. La méningo-encéphalite amibienne primaire (MEAP) est depuis longtemps associée à une maladie humaine; elle a été observée chez les jeunes enfants ou les jeunes adultes exposés aux eaux chaudes polluées. Le parasite gagne le système cérébro-spinal par l'invasion de la muqueuse pituitaire et les bulbes olfactifs provoquant une maladie mortelle. Les deux seuls cas survenus naturellement chez les bovins ont été observés en Californie et au Costa Rica, mais ils n’ont pas été diagnostiqués cliniquement chez les animaux vivants. L’autre  cas  naturel a été décrit chez un tapir en  Amérique du Sud. Notre cas de MEAP est une infestation naturelle par Naegleria fowleri observée chez une vache et une brebis avec des troubles nerveux, contaminés en buvant de l'eau chaude en pleine canicule. La MEAP aiguë et mortelle a été décrite cliniquement chez les deux animaux. Le trophozoite a été isolé du cerveau et du Liquide céphalo-rachidien . Le test de Flagellation  a montré un trophozoite mobile. Une inoculation d'un bolus de trophozoïtes à un hamster a entrainé  sa mort en dix jours ce qui a certifié que cette MEAP est dûe à  Naegleria sp. Une QPCR de l'ADN du parasite a été effectuée pour identifier son espèce.

Bacillus thuringiensis sérotype israelensis produit quatre toxines entomocides utilisées à grande échelle pour le biocontrôle des populations de diptères nuisibles et vecteurs de maladies : Cry4Aa, Cry4Ba, Cry11Aa et Cyt1Aa. Chacune de ces toxines présente un effet létal sur différents insectes mais, lorsqu’elles sont combinées, on observe un effet synergique et l’absence de résistance. Bien que cette synergie soit bien documentée par des tests de toxicité, il existe très peu d’information sur son mécanisme aux niveaux cellulaire et moléculaire. À l’aide de l’intestin isolé de la larve du moustique Aedes aegypti, le principal vecteur du paludisme, et de microélectrodes, nous avons observé une abolition complète du potentiel membranaire en présence de Cyt1Aa. Celle-ci se produit cependant plus rapidement lorsque la Cyt1Aa est utilisée en même temps que la Cry4Aa ou la Cry4Ba.D’autre part, des expériences réalisées avec la sonde calcique Fura2-AM sur des cellules isolées de l’épithélium intestinal du moustique montrent une augmentation progressive du calcium intracellulaire en présence de Cyt1Aa, mais une perte totale du signal, reflétant la lyse cellulaire, lorsqu’elle est administrée avec Cry4Ba. On observe également en présence de Cyt1Aa et de Cry4Aa, une forte montée de calcium avec lyse apparente des cellules. Ces résultats illustrent une interaction complexe entre ces toxines et leurs cellules cibles.

Dans les élevages, les animaux sont confrontés à plusieurs défis pouvant affecter leur bien-être, incluant d’entretenir une bonne relation avec les travailleurs humains. Une relation positive est bénéfique pour l’état de santé et l'état émotionnel des animaux et également pour les conditions de travail des humains.

Le projet de recherche a porté sur la relation entre porcelets et humains. Après le sevrage, 94 porcelets ont été soumis à une combinaison de 3 traitements expérimentaux. Ils recevaient des manipulations humaines régulières soit douces (H+) ou rudes (H-); étaient entrainés régulièrement pour un test cognitif avec un expérimentateur (E+) ou sans (E-); et vivaient en parc enrichi (jouets + tourbe) ou standard. Leur relation à l’humain a été évaluée à 3 âges différents dans un test standardisé.

Avec le temps, la relation à l’humain s’améliorait et les porcelets devenaient moins craintifs, peu importe le type de manipulations reçues. Dans le groupe H+, les porcelets E+ étaient moins intéressés par l’humain dans le test mené après 20 sessions de manipulations. À cette phase de l’entraînement, ils devaient s’habituer à rester seuls, tâche difficile pour des animaux grégaires.  Ils ont pu créer une association négative entre humain et isolement, contrairement aux porcelets H+/E- qui ont gardé l’association positive entre humain et caresses. Ces résultats indiquent que la relation à l’humain se développe avec le temps et dépend du contexte dans lequel l’animal interagit le plus avec l’humain.

Problématique : Les ribosomes des cellules eucaryotes ne sont pas tous identiques, car ils diffèrent dans leur composition en protéines ribosomiques. Cette hétérogénéité pourrait conférer une spécialisation des ribosomes. Pour étudier les ribosomes spécialisés nous avons choisi la levure Saccharomyces cerevisiae comme modèle puisque plusieurs protéines ribosomiques sont codées par une paire de gènes paralogues (versions A et B) dans cet organisme. C’est le cas de la protéine ribosomique uS13 issue des gènes paralogues RPS18A et RPS18B.

Objectif    : Nous voulons évaluer si RPS18A et RPS18B ont une contribution égale dans la cellule.

Méthodologie : Nous avons utilisé des souches délétées pour l’un ou l’autre des paralogues. Avec ces souches nous avons fait des tests de complémentation en exprimant l’un ou l’autre des paralogues à partir d’un plasmide centromérique (une seule copie par cellule). Nous avons aussi généré des versions modifiées de RPS18A et RPS18B par mutagenèse dirigée pour introduire une étiquette (tag) en N-terminal.

Résultats : La délétion du gène RPS18A ralentit davantage la croissance cellulaire que celle du gène RPS18B, suggérant une différence fonctionnelle entre les deux paralogues. L’expression de HA-RPS18A ou MYC-RPS18B complémente une souche où les deux protéines endogènes sont absentes.

Conclusion : La complémentation avec les protéines portant un tag nous offre un système permettant des investigations plus approfondies, comme le profilage des ribosomes.

L’amibe est un protozoaire se nourrissant majoritairement de bactéries. D’ordinaire, les bactéries ingérées sont digérées lors du processus de phagocytose. Or, certains microorganismes peuvent survivre à leur transit à travers la voie phagocytique. Ceux-ci sont capables de résister à la dégradation enzymatique et sont ainsi enrobés dans des corps multilamellaires (CML) avant d'être excrétés dans le milieu environnant. Les bactéries, ainsi enrobées, se montrent plus résistantes à divers stress. L’enrobage de bactéries est ainsi suspecté de contribuer à la persistance de certaines bactéries dans l’environnement et à la propagation de maladies infectieuses. Dans l’optique de mieux comprendre le processus d’enrobage, la présente étude a ciblé deux protéines amibiennes, Tom1 et Eps15, comme des acteurs potentiellement impliqués dans la formation des CML. L’analyse de la voie endocytique d’amibes mutantes pour lès gènes codant pour ces protéines a permis d’évaluer divers paramètres, tels le nombre et la taille des lysosomes produits. Dans un contexte de phagocytose active Eps15 régulerait à la baisse la production de CML ou à la hausse la sécrétion de ceux-ci alors que Tom1 agirait comme son antagoniste. Les résultats obtenus suggèrent donc que les protéines Eps15 et Tom1 pourraient réguler la production ou la sécrétion de CML. Une compréhension globale des étapes de l’enrobage bactérien permettra de préciser le rôle des amibes dans la survie des bactéries dans l’environnement.

Le champignon phytopathogène Botrytis cinerea est classé 2^e agent pathogène en importance au niveau mondial et présente un risque élevé de développer de la résistance aux fongicides. Aujourd’hui, la génétique des mécanismes de résistance est de plus en plus documentée et plusieurs mutations responsables de la résistance au boscalide ont été identifiées sur le gène de la succinate déshydrogénase. Il y a des outils moléculaires pour étudier ces mutations, mais ils ont leurs limites. Ils ne permettent pas d’analyses quantitatives et un grand nombre d’échantillons ne peut être traité rapidement. L’utilisation du Pyromark Q24 comme outil de détection et de quantification de cinq mutations reliées à la résistance au boscalide a permis de repousser ces limites. La technique est basée sur le séquençage par synthèse générant des données quantitatives avec une précision de 5%. Dans ce projet, deux tests ont donc été élaborés, mis au point et validés. Les résultats obtenus ont démontré une relation linéaire (R²=0.99) entre les ratios (0% à 100%) de spores d'individus résistants et sensibles analysés avec le Pyromark Q24. Cette technologie permettra donc d'analyser un grand nombre d’échantillons plus rapidement, avec une meilleure précision, et favorisera l’étude populationnelle en offrant la possibilité de combiner les échantillons. Le Pyromark Q24 est une technologie prometteuse pour mieux comprendre et gérer plus efficacement la problématique de la résistance aux fongicides.