Congrès - Recherche d'activité

Les virus sont des experts pour modifier l’homéostasie cellulaire. Récemment, plusieurs groupes ont démontré que quelques virus pouvaient modifier l’épissage alternatif (ÉA) de certains transcrits cellulaires. Puisque l’ÉA possède un rôle important de régulation, nous avons émis l’hypothèse que ces changements d’épissage causés par des virus pourraient être beaucoup plus importants. Pour étudier la modulation de l’ÉA des transcrits cellulaires, des cellules L929 contrôles et infectées avec Réovirus ont été analysées par séquençage d’ARN à haut-débit pour caractériser l’ensemble des événements d’ÉA. Nos résultats ont permis d’identifier 240 événements d’ÉA modifiés de manière statistiquement significative (q<0,05) touchant 194 gènes. Nous avons par la suite investigué la cause de ces changements. Premièrement, le facteur d’épissage ESRP1 est surexprimé au-delà de 40 fois suite à l’infection. Une expérience de co-culture a permis de déterminer que la surexpression d’ESRP1 ne nécessite pas la présence de Réovirus, mais plutôt la réponse immunitaire cellulaire liée à l’infection virale. Cependant, le présence de Réovirus est nécessaire pour induire les changements d’épissage dans 10 gènes précédemment identifiés. Nous avons démontré que Réovirus induit des changements d’épissage alternatifs chez la cellule-hôte et que cette modulation ne semble pas provenir de la réponse immunitaire cellulaire mais semble plutôt nécessiter la présence du virus.

L’apport élevé en sodium chez l’humain augmente les risques de développer des problèmes d’hypertension artérielle. Santé Canada propose donc  de réduire sa teneur dans les aliments transformés. Or, le sel est reconnu pour moduler la croissance et l'activité microbienne dans les aliments. Diminuer la quantité de sel dans le fromage de type Camembert pourrait donc entraîner des défauts de texture et de saveurs. Cette étude a pour objectif de déterminer si la croissance et l’activité de P. camemberti sont modifiées lors d’une réduction de la teneur en NaCl ou par sa substitution partielle par le KCl. La variation intraspécifique de la résistance au NaCl et KCl chez P. camemberti a été évaluée sur milieu de culture et caillé modèle Camembert. En parallèle, la cinétique d’incorporation de ces sels a été étudiée dans un Camembert industriel saumuré. Les résultats ont démontré que la croissance des différents isolats est similaire en fonction des concentrations de sel (0 à 3 %) avoisinant la teneur en NaCl moyenne (2 %) du Camembert. Sur caillé modèle, l’optimum de croissance se situe à 1 % de NaCl ou de KCl, ce qui est légèrement inférieur à la teneur en NaCl moyenne du Camembert. La vitesse de diffusion des sels dans le Camembert industriel a démontré que le KCl s’incorpore plus rapidement que le NaCl,  que le ratio de NaCl et de KCl dans la saumure n’était pas identique à celui dosé dans le fromage et que la concentration en sel varie en fonction du temps d’affinage.

L’amibe est un protozoaire se nourrissant majoritairement de bactéries. D’ordinaire, les bactéries ingérées sont digérées lors du processus de phagocytose. Or, certains microorganismes peuvent survivre à leur transit à travers la voie phagocytique. Ceux-ci sont capables de résister à la dégradation enzymatique et sont ainsi enrobés dans des corps multilamellaires (CML) avant d'être excrétés dans le milieu environnant. Les bactéries, ainsi enrobées, se montrent plus résistantes à divers stress. L’enrobage de bactéries est ainsi suspecté de contribuer à la persistance de certaines bactéries dans l’environnement et à la propagation de maladies infectieuses. Dans l’optique de mieux comprendre le processus d’enrobage, la présente étude a ciblé deux protéines amibiennes, Tom1 et Eps15, comme des acteurs potentiellement impliqués dans la formation des CML. L’analyse de la voie endocytique d’amibes mutantes pour lès gènes codant pour ces protéines a permis d’évaluer divers paramètres, tels le nombre et la taille des lysosomes produits. Dans un contexte de phagocytose active Eps15 régulerait à la baisse la production de CML ou à la hausse la sécrétion de ceux-ci alors que Tom1 agirait comme son antagoniste. Les résultats obtenus suggèrent donc que les protéines Eps15 et Tom1 pourraient réguler la production ou la sécrétion de CML. Une compréhension globale des étapes de l’enrobage bactérien permettra de préciser le rôle des amibes dans la survie des bactéries dans l’environnement.

Le champignon phytopathogène Botrytis cinerea est classé 2^e agent pathogène en importance au niveau mondial et présente un risque élevé de développer de la résistance aux fongicides. Aujourd’hui, la génétique des mécanismes de résistance est de plus en plus documentée et plusieurs mutations responsables de la résistance au boscalide ont été identifiées sur le gène de la succinate déshydrogénase. Il y a des outils moléculaires pour étudier ces mutations, mais ils ont leurs limites. Ils ne permettent pas d’analyses quantitatives et un grand nombre d’échantillons ne peut être traité rapidement. L’utilisation du Pyromark Q24 comme outil de détection et de quantification de cinq mutations reliées à la résistance au boscalide a permis de repousser ces limites. La technique est basée sur le séquençage par synthèse générant des données quantitatives avec une précision de 5%. Dans ce projet, deux tests ont donc été élaborés, mis au point et validés. Les résultats obtenus ont démontré une relation linéaire (R²=0.99) entre les ratios (0% à 100%) de spores d'individus résistants et sensibles analysés avec le Pyromark Q24. Cette technologie permettra donc d'analyser un grand nombre d’échantillons plus rapidement, avec une meilleure précision, et favorisera l’étude populationnelle en offrant la possibilité de combiner les échantillons. Le Pyromark Q24 est une technologie prometteuse pour mieux comprendre et gérer plus efficacement la problématique de la résistance aux fongicides.

Les Escherichia coli pathogènes aviaires (APEC) et multirésistants (MDR) sont une préoccupation en industrie avicole. L’objectif de cette étude était de caractériser les E. coli génériques (99), potentiellement pathogènes extraintestinaux (ExPEC) (93) et présumés producteurs de béta-lactamases à spectre étendu (ESBL)/AmpC (113), isolés de poulets de fermes au Québec. La prévalence des MDR était de 61,61%, 63,44% et 100% pour les collections générique, potentiels ExPEC et présumés ESBL/AmpC respectivement. La résistance aux antimicrobiens très importants en santé humaine comme le ceftriaxone et le ceftiofur a aussi été observée. Le gène bla_CTX-M était présent dans 1,44% et 0% respectivement des isolats génériques et potentiels ExPEC; ces prévalences étaient respectivement de 20,1% et 7,04% pour le gène bla_CMY-2. Dans les isolats présumés ESBL/AmpC, 5,26% et 94,74% étaient positifs pour bla_CTX-M et bla_CMY-2 respectivement. Sur la base des gènes de virulence, 1,44% d’isolats génériques et 11,26% de potentiels ExPEC, appartenant aux phylogroupes A, B2 et D, ont été classés potentiels ExPEC humains. Les sérogroupes O9 (21,27%) suivi de O141et O75 (6,38% chacun) étaient les plus prévalents et parmi les sérogroupes communément associés aux APEC, O78 (6,38%) a été détecté. Par ailleurs, l’électrophorèse en champs pulsé a démontré le caractère polyclonal des isolats. Cette étude a démontré que certains E. coli isolés des poulets au Québec peuvent être dangereux pour les humains.

L’expression transitoire de gène (ETG) est un bioprocédé rapide et économique, massivement utilisé en recherche et développement pour la production de protéines d'intérêt. Elle consiste à véhiculer du matériel génétique jusqu’aux noyaux de cellules cultivées en bioréacteur afin de les amener à produire une protéine recombinante d’intérêt potentiel. L’un des types de vecteurs les plus utilisés est un auto-assemblage sous forme de nanoparticule entre un polymère cationique et l’ADN exogène. L’obstacle majeur à l’optimisation de ce procédé est que la majorité du matériel génétique ayant été internalisé par les cellules est dégradé par la voie lysosomale. L’objectif de ce projet est le développement d’un vecteur de transfection capable de cibler un récepteur cellulaire afin d’utiliser la voie d’internalisation de ce dernier pour diriger le matériel génétique spécifiquement vers le noyau. Notre vecteur consiste en un polymère cationique que nous avons conjugué avec le peptide Kcoil, capable de former une liaison rigide et orientée avec son peptide partenaire Ecoil. Il devient ainsi possible de fonctionnaliser de manière innovante notre polyplexe par auto-assemblage avec une protéine étiquetée du peptide Ecoil, dans le but de cibler un récepteur cellulaire lors de l’ETG. Une preuve de principe in vitro a été réalisée avec le tandem ligand/récepteur Ecoil-EGF/EGFR sur la lignée cellulaire A431, démontrant la validité ainsi que le potentiel de notre démarche polyvalente.

Actuellement au Québec, les industries forestières se trouvent en situation précaire et tentent, par différent moyen, d’offrir une valeur ajoutée à leur biomasse. L’une des solutions mises de l’avant est l’intégration des extractibles des résidus d’écorces dans la formulation de produits d’assainissement. Ainsi, ce projet vise le développement d’un procédé permettant d’extraire les composés ayant un pouvoir antimicrobien des résidus d’écorces afin de remplacer l’ammonium quaternaire (CAQ), le composé antimicrobien intégré présentement à la formulation des produits de nettoyage ciblés. En effet, l’exploitation d’extractibles naturels permettra d’obtenir une formulation ainsi qu’un procédé de fabrication moins polluant. Pour ce faire, les différents composés ont d’abord été extraits des écorces en variant différents paramètres d’extraction (T°, pH, solvants) et ceux-ci ont été séparés et caractérisés par chromatographie. Le pouvoir antimicrobien des différentes fractions d’extraction a été évalué par bioautographie et par microdilution en bouillon à partir de différentes souches bactériennes et fongiques. Les résultats montrent une inhibition de la prolifération bactérienne et fongique sur certaines souches. Ainsi, différents potentiels antimicrobiens existent entre les essences d’arbres étudiés. La caractérisation des composés antimicrobiens par spectrométrie de masse puis la purification de ceux-ci sont des étapes envisagées pour atteindre l’objectif final du projet.

La biogenèse des ribosomes est un processus biologique essentiel à la croissance des cellules et à leur prolifération. Les principales étapes de ce processus sont effectuées dans le nucléole. Afin de mieux comprendre les mécanismes qui régulent la biogenèse des ribosomes, nous utilisons la levure Saccharomyces cerevisiae comme modèle puisque c’est dans cet organisme que ce processus est le plus étudié.

Nop6 est une protéine nucléolaire constituée d’un domaine de liaison à l’ARN (RRM) flanqué de deux motifs « coiled-coil » (CC). La présence des CC suggère que Nop6 pourrait interagir avec d’autres protéines. Nous avons utilisé le système double hybride chez la levure pour déterminer comment Nop6 interagit avec Rrt5, une protéine impliquée dans la transcription de l’ARN ribosomique. Nos résultats indiquent que Nop6 interagit fortement avec Rrt5. Étonnamment, la délétion des deux domaines CC de Nop6 n’a pas empêché son interaction avec Rrt5. Ce résultat suggère que c’est le RRM de Nop6 qui est nécessaire à l’interaction. Des expériences d’immunoprécipitation et « GST-pulldown » ont confirmé l’interaction Nop6-Rrt5. Curieusement, Nop6 et Rrt5 co-localisent seulement durant la sporulation, suggérant un possible rôle pour Nop6 dans la méiose. Nous avons également fait un crible double hybride avec Nop6 comme appât et nous avons identifié un nouveau partenaire putatif, Fir1. La caractérisation approfondie de l’interactions de Nop6 et Fir1 est en cours.

En Guadeloupe, territoire de la Caraïbe, les jeux d’acteur façonnent le monde agricole engagé dans la transition agroécologique. La production de banane plantain, Musa Paradisiaca, culture vivrière ancrée dans l’alimentation locale ne fait pas exception à la règle. Elle est le fait d’agriculteurs divers et peu structurés et des relations conflictuelles ont été mises en évidence entre les agriculteurs et les autres acteurs notamment autour d’un projet avorté d’exportation. Pour parvenir à caractériser les réseaux sociaux et à faire une cartographie des connaissances des acteurs, une approche méthodologique mixte (basée sur des entretiens semi-directifs et des ateliers) et découplée (entre agriculteurs et acteurs « autres ») a été construite. Des enquêtes mobilisant des sociogrammes pour retracer le réseau d’acteurs à partir de l’itinéraire technique sont menées auprès d’une soixantaine de producteurs (identification du type de liens, de la fréquence des échanges et du type de ressources échangées). L’objectif est de faire une Social Network Analysis d’acteurs particuliers couplée à un Knowledge mapping pour identifier les flux de connaissances. En parallèle un atelier « acteurs autres » sera organisé pour confronter les perceptions des agriculteurs à celles des autres acteurs. Nous nous intéressons à la similarité des réseaux au sein de groupes de producteurs et nous caractériserons ces réseaux (centralité, densité, etc.) en prenant en compte des facteurs contextuels.

La levure Schizosaccharomyces pombe utilise 3 mécanismes différents pour acquérir le fer de l’environnement. L’un de ces mécanismes consiste à synthétiser un sidérophore, le ferrichrome, et l’excréter sous sa forme apo. Une fois excrété, le ferrichrome capte le fer environnemental puiset il est récupéré par la levure pour le fonctionnement de ses propres métalloenzymes. Bien que la levure Saccharomyces cerevisiae est incapable de synthétiser des sidérophores, elle exprime à sa surface le transporteur Arn1, qui lui, est capable d’assimiler le ferrichrome de l’environnement. Les résultats montrent que les cellules de S. cerevisiae qui expriment Arn1 acquièrent des sidérophores de S. pombe pour leur croissance. Aucune croissance de S. cerevisiae n’est possible lorsque la souche de S. pombe est délétée pour les gènes sib1⁺ et sib2⁺ codant pour la biosynthèse de ferrichrome. L’utilisation de ce système de "cross-feeding" a permis l’identification de sib3⁺, un nouveau gène chez S. pombe, qui lui, est également requis pour la synthèse de ferrichrome et la co-culture de S. cerevisiae avec S. pombe lorsque la seule source de fer est le ferrichrome. Collectivement, ces résultats révèlent la capacité de S. pombe à sécréter des sidérophores et à permettre à d’autres espèces de levures d’en tirer profit pour envahir de nouvelles niches pauvres en fer.

Les méningo-encéphalites chez les animaux sont dues en particulier à des agents pathogènes viraux et bactériens, mais l'étiologie parasitologique est moins fréquente; avec le réchauffement climatique,  de grands changements dans le biotope de la faune aquatique sont apparus. La méningo-encéphalite amibienne primaire (MEAP) est depuis longtemps associée à une maladie humaine; elle a été observée chez les jeunes enfants ou les jeunes adultes exposés aux eaux chaudes polluées. Le parasite gagne le système cérébro-spinal par l'invasion de la muqueuse pituitaire et les bulbes olfactifs provoquant une maladie mortelle. Les deux seuls cas survenus naturellement chez les bovins ont été observés en Californie et au Costa Rica, mais ils n’ont pas été diagnostiqués cliniquement chez les animaux vivants. L’autre  cas  naturel a été décrit chez un tapir en  Amérique du Sud. Notre cas de MEAP est une infestation naturelle par Naegleria fowleri observée chez une vache et une brebis avec des troubles nerveux, contaminés en buvant de l'eau chaude en pleine canicule. La MEAP aiguë et mortelle a été décrite cliniquement chez les deux animaux. Le trophozoite a été isolé du cerveau et du Liquide céphalo-rachidien . Le test de Flagellation  a montré un trophozoite mobile. Une inoculation d'un bolus de trophozoïtes à un hamster a entrainé  sa mort en dix jours ce qui a certifié que cette MEAP est dûe à  Naegleria sp. Une QPCR de l'ADN du parasite a été effectuée pour identifier son espèce.

Bacillus thuringiensis sérotype israelensis produit quatre toxines entomocides utilisées à grande échelle pour le biocontrôle des populations de diptères nuisibles et vecteurs de maladies : Cry4Aa, Cry4Ba, Cry11Aa et Cyt1Aa. Chacune de ces toxines présente un effet létal sur différents insectes mais, lorsqu’elles sont combinées, on observe un effet synergique et l’absence de résistance. Bien que cette synergie soit bien documentée par des tests de toxicité, il existe très peu d’information sur son mécanisme aux niveaux cellulaire et moléculaire. À l’aide de l’intestin isolé de la larve du moustique Aedes aegypti, le principal vecteur du paludisme, et de microélectrodes, nous avons observé une abolition complète du potentiel membranaire en présence de Cyt1Aa. Celle-ci se produit cependant plus rapidement lorsque la Cyt1Aa est utilisée en même temps que la Cry4Aa ou la Cry4Ba.D’autre part, des expériences réalisées avec la sonde calcique Fura2-AM sur des cellules isolées de l’épithélium intestinal du moustique montrent une augmentation progressive du calcium intracellulaire en présence de Cyt1Aa, mais une perte totale du signal, reflétant la lyse cellulaire, lorsqu’elle est administrée avec Cry4Ba. On observe également en présence de Cyt1Aa et de Cry4Aa, une forte montée de calcium avec lyse apparente des cellules. Ces résultats illustrent une interaction complexe entre ces toxines et leurs cellules cibles.

Le syndrome du museau blanc (SMB), une maladie du derme causée par le champignon Pseudogymnoascus destructans (Pd), a décimé des millions de chauves-souris depuis 2007. Certaines espèces comme la grande chauve-souris brune (Eptesicus fuscus, EPFU) sont toutefois résistantes à la maladie qui sévit durant l’hibernation. Le microbiote de la peau (c’est-à-dire l’ensemble des microorganismes vivant en association avec un hôte) pourrait jouer un rôle important dans la survie des EPFU face au SMB, or celui-ci n’a jamais été examiné en relation avec Pd. L’objectif de cette étude est d’explorer le microbiote cutané d’EPFU exposées à Pd lors de la période d’hibernation afin de comprendre son potentiel dans la résistance. En janvier 2017, nous avons caractérisé le microbiote de la peau d’EPFU infectées et non infectées par Pd à l’aide du séquençage haut débit du gène de l’ARN ribosomal 16S. En accord avec l’hypothèse de résistance chez cette espèce, le microbiote de la peau n’était pas différent entre les individus Pd positifs et Pd négatifs. De plus, des bactéries au potentiel anti-Pd étaient hautement abondantes dans le microbiote cutané des individus. À la lumière de ces résultats, le microbiote pourrait contribuer à la résistance au SMB et devrait être considéré dans la recherche de solutions à la maladie.

L'hypothermie thérapeutique modérée (HTM) consiste à abaisser la température corporelle entre 32 et 34 °C. L'HTM aide à préserver les cellules et les fonctions neurologiques lors de défaillance multiorganique. Plus l'HTM est atteinte rapidement, meilleure est la protection. La ventilation liquidienne (VLT) consiste à assurer les échanges gazeux dans les poumons à l'aide d'un liquide, typiquement des perfluorocarbones (PFC). Un ventilateur liquidien est responsable d'assurer la ventilation par un renouvellement cyclique de PFC oxygéné et à température contrôlée. La VLT, utilisant le PFC comme vecteur d'énergie et le poumon comme échangeur de chaleur, permet des vitesses de refroidissement extrêmement rapide.

La problématique adressée est de concevoir et valider par expérimentation animale un système d'induction automatisé d'HTM par VLT. Le dernier prototype de l'équipe INOLIVENT a ainsi été équipé d'un échangeur de chaleur permettant un contrôle précis de la température du PFC et implémenté d'un algorithme d'induction automatisé d'hypothermie thérapeutique par VLT.

Ces résultats préliminaires présentent la validation sur un agneau nouveau-né sain de 4,7 kg (figure1). Il fut ainsi possible de passer de 39,5 °C à la température visée de 33,5 °C en 4,1 min à l'œsophage, 15,7 min au tympan et 20,2 min au rectum. Des vitesses de refroidissement de -91 °C/h à l'œsophage, -47 °C/h au tympan et -46 °C/h au rectum ont pu être observé pour la descente de 39,5 °C à 34,5 °C.

Le but de cette étude est de cloner et de séquencer GAPC chez le pissenlit Taraxacum officinale (Asteraceae).  Ce gène appartient à la famille des gènes GAPDH qui codent pour la structure de l’enzyme glycolytique glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (GAPDH; EC 1.2.1.12). Une partie du gène a été amplifiée par  la méthode de PCR à deux reprises. La première amplification a été effectuée à partir d’amorces dégénérées. Les amplicons obtenus ont été soumis à une deuxième amplification à partir d’amorces spécifiques à la région du gène qui est dépendante du NAD⁺. Des amplifications supplémentaires ont été achevées par la méthode de transformation d’Escherichia coli par l’intermédiaire du vecteur de clonage pJET1.2.  Par la suite, le gène en question a été extrait, purifié et séquencé par la méthode de Sanger. L’analyse bio-informatique de la séquence obtenue a montré qu'elle correspond à une partie de GAPC-2 composée de 859 pb et 4 régions codantes. De plus, le gène possède une homologie assez élevée (71%) au gène GAPC-2 (GenBank: NM_101214) provenant de l’arabette des dames Arabidopsis thaliana (Brassicaceae).  Le produit prédit du gène est composé de 200 acides aminés et possède une homologie substantielle (89%) au produit du gène GAPC-2 d’A. thaliana. Vue l’importance de l’enzyme GAPDH, la comparaison de la structure du gène GAPDH  chez différentes espèces de plantes locales servira à établir des liens entre l’aspect moléculaire du gène et sa signification évolutive.

70 000 interventions cardiovasculaires sont réalisées annuellement au Canada. Lors de ces interventions, des substituts vasculaires sont utilisés pour remodeler ou remplacer les vaisseaux sanguins endommagés. Le développement de thrombose et de resténose peut mener à la défaillance de ces substituts. Pour réduire ces évènements, une méthode envisagée est de concevoir une surface pouvant promouvoir l’adhésion et la prolifération des cellules endothéliales tout comme sur la paroi d’un vaisseau sanguin normal. Notre hypothèse est que la co-immobilisation d’anticorps de captation et de peptides biomimétiques favorisera les étapes d’adhésion et de prolifération cellulaire nécessaires pour recouvrir les substituts.

Pour tester notre hypothèse, nous développons une plateforme de criblage combinatoire peptide-anticorps. Notre stratégie permet de greffer des biomolécules de manière covalente sur des surfaces aminées. Cette technique permet d’immobiliser à la fois le peptide RGD, ainsi que des anticorps qui reconnaissent la protéine CD31, exprimée par les cellules endothéliales. En mesurant l’adhésion cellulaire après 3 heures d’incubation agitée, nous avons démontré que les peptides RGD et/ou les anticorps anti-CD31 augmentent l’adhésion, mais que seule la surface avec RGD accroît l’expansion cellulaire. En optimisant cette technique, notre plateforme permettra l’étude des combinaisons peptide-anticorps et permettra de concevoir la nouvelle génération de substituts vasculaires.

Grb2 est une protéine adaptatrice impliquée dans la voie de signalisation des tyrosines kinases, notamment celle du facteur de croissance épidermique (EGF), stimulant entre autres la prolifération de divers types cellulaires. Son domaine SH2 permet de lier les tyrosines phosphorylées du récepteur activé, alors que ses deux domaines SH3 peuvent lier des régions riches en prolines (PRD) de plusieurs protéines différentes, notamment SOS, une enzyme activant la voie Ras/MAPK. De plus, Grb2 est impliqué dans l’internalisation du récepteur de l’EGF (EGFR). Itch est une ligase de l’ubiquitine avec un domaine HECT. Celle-ci, en attachant une chaine d’ubiquitines, provoque la dégradation de plusieurs protéines impliquées dans l’endocytose de l’EGFR comme l’endophiline et Cbl. Plusieurs des interactions entre Itch et ces protéines sont faites par le biais de domaines SH3. Malgré cela, le rôle de Itch dans la régulation de la signalisation ainsi que l’internalisation de l’EGFR reste méconnu. Par l’utilisation de chromatographie d’affinité et par transfert de résonnance d’énergie bioluminescente dans des cellules surexprimant différentes constructions de Itch et Grb2, nous avons pu observer une interaction directe entre les deux protéines. Itch permet d’ubiquityler Grb2 mais celui-ci n’est pas dégradé par le protéasome. Nous tentons de déterminer si l’ubiquitylation de Grb2 influence l’activité de ce dernier, particulièrement en ce qui concerne l’internalisation des récepteurs de l’EGF.

Les introns du groupe II sont des ARN catalytiques et des rétroéléments mobiles présents dans certaines organelles eucaryotes, de plus que dans les bactéries et archées. Ces ribozymes s'auto-épissent à partir du pré-ARNm de gènes interrompus et peuvent se réinsèrent dans des séquences d'ADN cibles. Les hypothèses évolutives placent ces éléments retromobiles à l'origine de plus de la moitié du génome humain. Néanmoins, l'évolution et la dissémination des introns du groupe II s'est révélée très difficile à étudier.

Ici, nous avons caractérisé la relation fonctionnelle et évolutive entre l'intron de groupe II modèle de Lactococcus lactis, Ll.LtrB, et Ef.PcfG, un intron nouvellement découvert provenant d'une souche clinique d'Enterococcus faecalis.

Certaines mutations ponctuelles spécifiques entre des deux introns correspondent à des adaptations fonctionnelles qui se sont développées chez L. lactis en réponse à une pression sélective sur l'efficacité de la mobilité, indépendamment de l'épissage. Les séquences de toutes les variantes homologues de pleine longueur de Ll.LtrB chez L. lactis ont été comparées, et démontrent une progression dans l'acquisition de mutations.

Nos résultats offrant un fort soutien expérimental à la théorie selon laquelle les introns bactériens du groupe II, en contraste net avec leurs homologues organellaires, se comportent principalement comme des éléments mobiles.

Le ver-gris occidental du haricot (VGOH), Striacosta albicosta (Lepidoptera :Noctuidae), est un ravageur du maïs établi au Québec depuis quelques années et les premiers dommages économiques ont été rapportés en 2016. Les larves de VGOH s’attaquent aux épis, affectent la qualité du grain et causent des pertes de rendement. L’objectif de ce projet est de déterminer l’impact du VGOH sur la culture du maïs au Québec. Pour ce faire, un suivi des papillons à l’aide de pièges à phéromones, un dépistage des masses d’œufs et des larves et une évaluation des dommages aux épis ont été réalisés durant l’été et l’automne 2021 dans différentes régions du Québec. Les résultats indiquent des différences régionales et en fonction des hybrides de maïs échantillonnés.

Les bactéries multirésistantes aux antibiotiques sont des problèmes majeurs en santé. L’acquisition de gènes de résistance peut se faire de plusieurs façons. Le processus le plus dangereux est via la conjugaison d’éléments génétiques mobiles entre bactéries. Les biofilms sont des communautés bactériennes encastrées dans une matrice extracellulaire. Ils sont ubiquitaires de l’environnement cause de nombreux problèmes en santé où la majorité des infections chroniques bactériennes sont causées par des bactéries sous forme de biofilms. Malgré l’omniprésence des biofilms dans des environnements fréquemment exposé à des antibiotiques, leur rôle dans le transfert d’éléments génétiques mobiles n’a quasiment pas été étudier. Dans mon projet, j’étudie le transfert conjugatifs d’un élément intégratif et conjugatif (ICEBs1) et le rôle du biofilm permettant d’améliorer l’efficacité de transfert entre des bactéries. J’ai utilisé une approche génétique en combinaison avec des techniques de microscopie à fluorescence me permettant de suivre le transfert de ICEBs1 dans le biofilm. Mes résultats montre que le transfert s’effectue dans des «îlots» où la conjugaison est très efficace. Ils suggèrent aussi que les bactéries ayant reçu ICEBs1 soit impliquer par la suite dans son transfert, un phénomène peu répertorié. Mon projet permettra de mieux comprendre le rôle du biofilm dans la transmissions de gènes de résistance dans le but de diminuer l’apparitions de bactéries multirésistantes.

La résistance aux antibiotiques est une problématique mondiale qui touche aussi négativement l’aquaculture québécoise. La bactérie Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida est l’agent étiologique de la furonculose, une importante maladie en aquaculture. Malheureusement, A. salmonicida possède plusieurs gènes de résistances aux antibiotiques tel que démontré par nos analyses génomiques. Cela illustre bien l’urgence de la situation et l’importance d’intervenir par un traitement alternatif. Les bactériophages sont des virus infectant spécifiquement les bactéries. Plusieurs études tendent à démontrer que les bactériophages pourraient être une alternative viable aux antibiotiques dans un contexte d’aquaculture. Cependant, une caractérisation génomique des relations de coévolution entre la bactérie cible (A. salmonicida subsp. salmonicida) et les virus est nécessaire afin de nous assurer de la fiabilité et de la sécurité d’un potentiel traitement par les bactériophages. Notre étude a permis d’isoler des bactériophages provenant de piscicultures québécoises et d’analyser leur génome avec des outils à la fine pointe de la technologie ainsi que d’effectuer des tests sur la capacité lytique des virus isolés. Les bactériophages s’avérant génétiquement compatibles pour un traitement pourront faire partie de potentiels cocktails de virus afin d’offrir une alternative économiquement viable aux industries aquacoles afin de se protéger contre la furonculose.

La cryoconservation est une méthode utilisée afin de pouvoir conserver à long terme des cellules à de très basses températures. Cependant le cycle gel/dégel cause des dommages aux cellules et peuvent entrainer la mort cellulaire. Ce problème peut être contré par l’utilisation d’agent de cryoconservation tel que le Diméthyl Sulfoxide (DMSO). Même s’il est l’un des plus utilisés actuellement, cet agent est toxique pour les cellules et doit être retiré rapidement après décongélation. Il serait donc intéressant de développer de nouveaux agents de cryoconservation moins toxiques et idéalement plus efficaces. Il a été démontré qu’un extrait brut de protéines de blé permet une meilleure cryoconservation des hépatocytes, qui sont très utilisés dans le domaine pharmaceutique et médical. L’analyse de cet extrait a permis d’identifier plusieurs protéines ayant potentiellement une activité cryoprotectrice dont l’énolase, connue pour son rôle dans la glycolyse, et une 2-Cys peroxiredoxine, connue pour son activité antioxydante. Des tests de cryoconservation ont confirmé que ces protéines possèdent une activité cryoprotectrice puisqu’elles maintiennent la viabilité et les fonctions des hépatocytes après décongélation. De plus, ces protéines protègent les cellules du stress oxydatif occasionné par la congélation. Le développement de nouveaux agents permettrait d’améliorer la disponibilité des cellules et constituerait une avancée majeure dans le domaine de la cryobiologie.



Plusieurs facteurs environnementaux peuvent mener à la limitation en oxygène chez les plantes (hypoxie). Paradoxalement, le stress hypoxique mène à une augmentation intracellulaire de dérivés réactifs de l’oxygène (ROS) ainsi que de dérivés réactifs de l’azote (RNS). Ces molécules ont la propriété commune d’oxyder les groupements thiols des résidus cystéines (Cys) de diverses protéines. Au cours de ce projet, nous nous intéressons à l’alcool déshydrogénase (ADH) d’Arabidopsis thaliana, un enzyme essentiel à la fermentation alcoolique durant l’hypoxie. Nous avons purifié l’ADH d’A. thaliana sous forme recombinante et démontré que cet enzyme était sensible à l’inhibition par les ROS (H₂O₂) et les RNS (monoxyde d’azote). L’addition de DTT permet de récupérer l’activité de l’ADH après le traitement au monoxyde d’azote mais est inefficace après un traitement avec le H₂O₂. La liaison de l’ADH au NAD⁺ ou au NADH prévient l’inhibition, suggérant que ces cofacteurs bloquent ou limitent la disponibilité des Cys ciblées. Nous avons également démontré que l’ADH peut former un pont disulfure avec le glutathion (S-glutathionylation) sans affecter son activité enzymatique. Les analyses effectuées par LC-MS/MS ont permis d’identifier deux résidus Cys pouvant lier le glutathion ainsi que la présence de ponts disulfures dans la structure de l’enzyme. Ces résultats suggèrent que l’ADH est sujette à plusieurs modifications redox affectant différemment son activité enzymatique.

Le virus Zika, un membre du genre Flavivirus, est un virus émergeant qui constitue une grande préoccupation de santé publique. Comme les autres Flavivirus, le virus Zika peut infecter le système nerveux central, et suite à l’épidémie de fièvre Zika de 2015-2016 en Amérique du Sud, ce virus a été associé au syndrome de Guillain-Barré ainsi qu’au développement de microcéphalie lorsqu’il y a infection du fœtus.

Nous étudions les interactions entre le virus Zika et ses cellules hôte dans le but de découvrir comment il module les processus cellulaires et cause des maladies graves.

Des cellules gliales, qui sont les cellules les plus abondantes du système nerveux central, ont été infectées avec le virus Zika, et des cellules non infectées ont servi de contrôle. Les ARNm ont été extraits, purifiés et séquencés. Des changements dans l’expression des gènes ont été identifiés à l’aide de DESeq2, et des modulations au niveau de l’épissage alternatif ont été analysés avec rMATS.

Plusieurs centaines de gènes sont différentiellement exprimés ou épissés lors d’une infection avec le virus Zika. De plus, plusieurs gènes impliqués dans le développement du système nerveux sont affectés par ces dérégulations. Globalement, nos résultats donnent un aperçu des façons dont le virus Zika interagit avec ses cellules hôte et mène au développement de maladies graves.

44 souches Gram positives catalase-négatives ont été isolées à partir de produits laitiers artisanaux tunisiens et testées pour leur capacité à produire des bactériocines actives contre Listeria. Parmi les souches testées, cinq ont montré une forte inhibition contre L. monocytogenes et ont été identifiées comme étant des Enterococcus durans (3), Enterococcus faecalis (1) et Enterococcus spp. Grâce au séquençage du gène 16S comme. Ces souches ont été testées pour leur résistance aux antibiotiques et pour la présence des gènes de virulences connus chez les entérocoques. La souche E. durans 61A était particulièrement sensible à la vancomycine et ne portait aucun des gènes de virulence criblés. L’évaluation de la survie de cette souche dans le tractus gastro-intestinal ainsi que sa capacité à produire la bactériocine lors d’un transit gastrointestinal ont été évalués grâce au simulateur in vitro du tube digestif le TIM1. Les résultats ont montré un taux de survie de 17,4% et une capacité à produire sa bactériocine après avoir subi le stress digestif. La caractérisation de la substance inhibitrice produite a montré une forte résistante aux enzymes protéolytiques, à la température et qu’elle est stable aux solvants organiques et à  différents pH confirmant sa nature peptidique.

Mots clés: Enterococcus durans, probiotique, bactériocine, produits laitiers.