Criblage d’aptamères modifiés pour la détection de bactéries

Les aptamères sont des acides nucléiques capables de lier spécifiquement un ligand donné, tel que des petites molécules, des protéines ou même des bactéries, à titre d’exemples. La sélection d’aptamère se fait via la méthode SELEX qui consiste à faire de l’évolution accélérée in-vitro. Bien que cette approche permette théoriquement de sélectionner des aptamères ayant une grande affinité et sélectivité pour le ligand choisi, les conditions de la sélection (tampon, température, séquences constantes…) peuvent parfois causer une dépendance non-désirée de l’aptamère à ces conditions et les rendre impropre à leur utilisation dans des applications diverses. Ainsi, nous avons entrepris de tester plusieurs aptamères connus spécifiques contre différentes espèces de bactéries. Ceux dont l’affinité semblait assez robuste ont ensuite été sélectionné pour être modifié afin de les rendre plus utilisable pour d’autres applications. Nous avons ainsi ajouté des adaptateurs et avons aussi tronqué leurs séquences. Au final, nous avons observé que le changement des conditions utilisées et les modifications d’un aptamère ont une probabilité élevée d’affecter son affinité.