La dissémination mondiale de bactéries à Gram négatif productrices de carbapénémases (BPC) représente une menace de santé publique majeure. Les infections causées par les BPC sont associées à un taux de mortalité élevé. Actuellement, les méthodes phénotypiques utilisées pour la détection des BPC manquent de sensibilité et de spécificité et sont souvent difficiles à interpréter. Cette étude décrit un essai PCR multiplex en temps réel permettant la détection rapide des gènes codant pour les carbapénémases les plus prévalentes.
Des alignements multiples des séquences des gènes blaIMP, blaKPC, blaNDM, blaOXA48/181 et blaVIM ont été réalisés à partir des séquences disponibles dans les bases de données publiques. Un essai PCR multiplex en temps réel a été développé comprenant 5 paires d’amorces et 5 sondes fluorescentes spécifiques à des régions hautement conservées de ces gènes. L’essai PCR a été optimisé et validé en utilisant l’ADN génomique purifié de souches contenant les gènes de résistance ciblés.
La sensibilité analytique de cet essai PCR se situe entre 10 et 25 copies de génome par réaction PCR pour chacune des cibles. Au total, 19 souches de BPC testées dont, 7 IMP (IMP-1, IMP-4, IMP-8 et IMP-9), 6 KPC (KPC-1 et KPC-3), 3 NDM-1, 1 OXA-48 et 2 VIM (VIM-2 et VIM-8) ont été détectées.
Cet essai PCR pourra permettre d’identifier rapidement les patients infectés ou porteurs de BPC et mieux contrôler la dissémination de ces bactéries résistantes.