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La protéine kinase mTOR (mammalian target of rapamycin) favorise la croissance et la prolifération cellulaire en régulant la traduction des ARNm et en augmentant la capacité de la cellule à synthétiser des protéines. Bien que mTOR favorise la traduction de façon globale, son activité semble être particulièrement requise pour la traduction de certaines classes d'ARNm codant pour des protéines impliquées dans la croissance cellulaire.Afin de mieux comprendre les mécanismes associés à cette régulation spécifique, nous avons caractérisé le complexe protéique s'associant à la coiffe des …

Informatiser l’un des processus d’une entreprise est monnaie courante afin de lui permettre de se surpasser dans ses compétences clés. Cependant, lorsque l’on vise à l’automatiser et que celui-ci comporte des particularités propres à chaque client, cela représente tout un défi. Tel est le cas de S3R, une entreprise qui innove en offrant au Québec un service unique de développement, d’implantation et de suivi de solutions qui permettent à ses clients de réaliser des profits à travers une meilleure gestion de leurs déchets et matières recyclables. Notre recherche a d’abord consisté à stand…

Malgré l'existence de nombreux médicaments contre le paludisme, un besoin subsiste pour de nouvelles thérapies réellement efficaces afin d'éradiquer ces maladies. Une fois le cerveau atteint par la maladie, le paludisme tue une personne sur cinq. Une étude récente a démontré que l'ajout de nitroglycérine à un médicament existant rend le traitement beaucoup plus efficace que le médicament seul pour guérir le paludisme cérébral chez la souris. De plus, les parasites du paludisme utilisent de façon quasi-exclusive la glycolyse comme source d'énergie. Or nous avons récemment démontré en labora…

La dégradation des protéines et le recyclage des acides aminés est nécessaire pour le maintient de l'activité cellulaire. Le système ubiquitine-protéasome est un des constituants important qui assurent la protéolyse et est composé de plus de 1232 gènes. La découverte d'anomalies moléculaires au niveau de ce système dans les cellules cancéreuses et d'autres maladies (Parkinson, Alzheimer, etc.) ont soulevé un fort intérêt thérapeutique. Plusieurs molécules ciblant diverses protéines de ce système sont présentement en essai clinique, dont la molécule CC0651 qui inhibe l'activité de Cdc34a.

Ce projet propose un système d’équations estimant les niveaux de distorsions d’intermodulation (IMD) d’un amplificateur à rétroaction d’enveloppe. La particularité de ce modèle est la prise en compte de l’effet de mémoire que comportent les amplificateurs de puissance. Ce modèle a pour objectif de faciliter l’atteinte des exigences, en termes de linéarité, à l’étape de la conception assistée par ordinateur d’amplificateur de puissance à rétroaction d’enveloppe.Les résultats obtenus avec le modèle proposé sont comparés aux simulations (sur ADSTM) du comportement dynamique AM et PM …

Une des plus grandes problématiques en agriculture moderne est celle du traitement des mauvaises herbes. Ce traitement, qui est nécessaire pour augmenter la production, se fait aujourd'hui en utilisant une grande quantité de produits chimiques, ce qui induit des coûts pour les producteurs. De plus, les effets sur l'environnement et sur la santé sont non négligeables. Avec l’évolution des techniques de vision artificielle et de robotique mobile, on pourrait envisager un système autonome qui s’attaquerait aux mauvaises herbes. Un tel système permettrait de les détecter et de les traiter localem…

La voie de signalisation Ras/MAPK régule plusieurs fonctions biologiques, incluant la croissance et la prolifération cellulaire. Cette voie est souvent dérégulée dans le cancer, incluant la plupart des cas de mélanome. RSK (p90 ribosomal S6 kinase) est une protéine kinase activée par la voie Ras/MAPK qui est nécessaire à la croissance des mélanomes, mais relativement peu est connu sur sa fonction exacte et la nature de ses substrats.Nous avons utilisé une approche en phosphoprotéomique quantitative pour définir les réseaux de signalisation régulés par RSK. Nous avons défini le conse…

L’informatique décisionnelle représente de nos jours une source vitale aux succès des entreprises, petite, moyenne ou grande. Le but de cette recherche est d'évaluer les tableaux de bord potentiels et de concevoir par la suite la meilleure solution informatique adaptée à l'environnement de l'entreprise S3R. Celle-ci est spécialisée dans l'offre de solutions de gestion des déchets pour ses clients. La société détient actuellement une application liée à une base de données hébergée dans le Cloud, lui permettant d’automatiser une partie de son processus opérationnel. L’utilisation d’un outil …

Le système ubiquitine-protéasome (UPS) contrôle la dégradation, l'activité et/ou la localisation de plusieurs protéines suite à la conjugaison de la petite protéine ubiquitine par l'intermédiaire d'une cascade d'enzymes nommées E1, E2 et E3 (1200 au total). La famille d'enzymes SCF E3 comprend plusieurs récepteurs appelés F-box qui recrutent des substrats d'ubiquitination en impliquant un complexe composé de l'adaptateur Skp1, la cullin CUL1 et la protéine RING domain nommé Rbx1; cette dernière fournissant le site de liaison pour l'enzyme E2 Cdc34A. Plusieurs protéines F-box jouent un rôl…

L’idéation est un processus incontournable et essentiel de la démarche de conception en design. Bien qu’elle puisse être sollicitée à tous moments (CROSS 2011), l’idéation revêt une importance particulière en tout début de démarche, lorsque le designer concentre ses efforts à l’exploration de l’univers des possibles et à l’identification de l’idée brute qui deviendra le générateur primaire (DRAKE 1978) de la solution de design en devenir. Mais l’acte idéatif repose sur un processus cognitif exigeant et fragile. Les obstacles susceptibles de lui nuire, de l’interrompre ou de mener à son éch…

Lorsque vient le moment de suivre un évènement dans le détail, le lecteur attentif de l’actualité n’a plus le choix ; il doit sélectionner les sources d’information qu’il veut privilégier. L’information est là et partout, en plusieurs langues et s’exprimant au travers de multiples points de vue. Cette disparité dans le traitement crée ce que l’on pourrait appeler des trous informatifs qu’il est impossible de combler sans lire l’ensemble de ce qui s’est écrit sur le sujet. Notre méthodologie comporte quatre étapes : la construction du corpus documentaire de manière semi-automatique, l'align…

L'immunopeptidome du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (iCMH I) regroupe les peptides présentés par les molécules du CMH I et permet dedistinguer les cellules saines des cellules infectées ou cancéreuses. Les peptides de l'iCMH I sont issus de la dégradation des protéines intracellulaires et plusieurs études protéomiques ont identifié des protéines issues de la traduction de cadres de lecture alternatifs suggèrant que la complexité du protéome pourrait être sous-estimée. Nous avons développé une nouvelle méthode couplant MS et séquençage d'ARN de nouvelle génération afin de …

Nous présenterons diverses extensions de la  méthode  Density Functional Tight Binding (DFTB) ainsi que ses combinaisons avec des algorithmes de simulation intensive, notamment  les progrès algorithmiques pour traiter les  grands systèmes,  l' utilisations de la DFTB dans  des simulations  nécessitant un grand nombre de calcul de l'énergie et/ou des forces,  la combinaison de la méthode DFTB avec la dynamique quantique  PIMD  (intégrales de chemins), des approches vers le calcul  des états excités.  Les applications porteront sur la simulation de propriétés  d'agrégats et complexes molécul…

Idéalement, la conception rationnelle de médicaments peut s'appuyer sur la structure rayon-X de la cible thérapeutique. Dans un tel cas, un ligand biologiquement actif peut être amélioré par l'optimisation des interactions protéine-ligand. Le rôle de l'eau comme agent liant ou déstabilisant est souvent négligé. Or, selon plusieurs études, une majorité de structures rayon-X rapportent au moins une molécule d'eau qui unit le ligand à la protéine et participe directement à la complexation. Il arrive souvent que la résolution crystallographique ne permette pas d'identifier les sites aqueux. Ce…

L'étude de l'échelle mésoscopique montre que plusieurs propriétés de la matière évoluent d'un régime discret à un régime continu. Cette transition s'observe, par exemple, en étudiant les interactions se produisant à deux longueurs d'échelle différentes. Par exemple, il est possible d'imaginer ce type de transition en étudiant l'évolution du concept d'une roue moléculaire sur différentes longueurs d'échelle. Plus la taille de cette augmente moins la granulosité de sa structure fine est en fait perceptible. C'est l'étude de cette transition qui motive les travaux présentés ici. Nous nous int…

La mise au point de médicaments est une entreprise couteuse et laborieuse. Depuis quelques années, l'application de simulations informatiques a permis d'améliorer la conception de nouveaux médicaments et la compréhension de leurs modes d'action et.  Notre laboratoire combine le développement de logiciels, la synthèse organique et la biochimie pour à la fois développer de nouveaux logiciels plus fiables, rapides et faciles d'utilisation et les appliquer au développement de nouvelles molécules à visées thérapeutiques notamment dans le domaine des maladies neurodégénératives et des cancers. A…

Nous avons développé une méthode pour ajuster, de façon automatique, une fonction universelle à des surfaces de potentiel pour des systèmes ayant jusqu'à plusieurs dizaines d'atomes.     La fonction consiste en une somme d'énergies de cohésion atomiques dépendantes de l'environnement chimique. L'usager n'a besoin de définir aucun des termes de cette fonction. La méthlode fonctionne pour les systèmes  où les interactions ioniques sont assez faibles. Autrement, il n'y a pas de contraintes sur le type de système qu'on peut traiter. Nos tests montrent que le coût pour évaluer la fonction est 3…

Le récepteur de l'élastine (RE) est un complexe trimérique constitué de l'association de 3 protéines : l'EBP (Elastin Binding Protein), la protéine protectrice cathépsine A et la neuraminidase-1. Ce récepteur hétérodimérique est impliqué dans le métabolisme de divers ligands et présente un mécanisme d'action très spécifique et compliqué mettant en jeu une cascade de processus dans le cadre de l'interaction avec les molécules d'élastine, de tropoélastine ou des peptides issus de leurs dégradations. Ce récepteur de l'élastine participe également activement aux phénomènes de signalisation cel…

Les propriétés de nanoparticules représentatives des domaines du carbone amorphe et graphitique ont été étudiées par calculs de chimie quantique, utilisant la très populaire théorie de la fonctionelle de la densité (density-functional theory – DFT) ainsi que la théorie du champ auto-consistant multi-références (complete-active space self-consistent field - CASSCF). Ils'avère que le caractère semi-métallique des nanoparticules de carbone prédit par la DFT, c'est-à dire la pseudo-dégénerescence énergetique d'états de spin, est de fait confirmé par les calculs CASSCF, une théorie certes plus …

Un rapport de progrès vers la modélisation multi-échelles de réactions chimiques dans des milieux complexes sera présenté. Selon le progrès des différents projets, on traitera le processus de transcription, la génération de l'ARN-méssager, par l'enzyme ARN-polymérase, d'une part, et le transfert d'électrons entre protéines, d'autre part. On mettra au foyer la façon de faire fonctionner plusieurs méthodologies dans une approche systémique: chimie quantique (théorie de la fonctionelle de la densité et méthodes semi-empiriques), dynamique moléculaire, méthodes QM/MM, Monte Carlo cinétique, mé…

La très célèbre double hélice de l'ADN est capable de modifier profondément les propriétés photo-physiques de certains chromophores. Les spectres d'absorption ou d'émission UV/Visible peuvent subir des variations en intensité et/ou en longueur d'onde en fonction de la présence de brin d'ADN dans la solution par exemple. La molécule d'ADN est aussi responsable du spectaculaire effet d'interrupteur lumineux que l'on rencontre pour certains complexes de métaux de transition. En présence d'ADN ces complexes peuvent émettre de la lumière alors qu'ils en sont incapables en solution ou vice versa…