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La logique dynamique est une approche récente située au carrefour de la logique, de l’informatique, de la théorie des jeux et de la philosophie. Celle-ci permet de rendre compte de situations complexes où le comportement d’agents intelligents varie dans le temps en fonction d’échanges d’informations. En effet, les connaissances d’une personne influencent non seulement ses comportements mais aussi ceux des autres agents. On peut alors modéliser ces interactions en prenant compte des préférences, des buts,  des mises à jour des connaissances, des stratégies ou encore des capacités de chaque …

Plus de 500 millions de messages sont publiés quotidiennement sur Twitter. Les entreprises et les consommateurs interagissent et sont connectés entre eux comme l’illustrent autant le marketing viral que les comportements moutonniers. Notre hypothèse est que les conversations sur les réseaux sociaux peuvent ajouter de l’information à l’information financière déjà disponible.La recherche s’appuie sur des bases de données répertoriant l’évolution de la popularité sur Twitter de l’ensemble des compagnies du S&P500. De plus, tous les messages publiés avant l’ouverture des marchés ont été…

Malgré l'existence de nombreux médicaments contre le paludisme, un besoin subsiste pour de nouvelles thérapies réellement efficaces afin d'éradiquer ces maladies. Une fois le cerveau atteint par la maladie, le paludisme tue une personne sur cinq. Une étude récente a démontré que l'ajout de nitroglycérine à un médicament existant rend le traitement beaucoup plus efficace que le médicament seul pour guérir le paludisme cérébral chez la souris. De plus, les parasites du paludisme utilisent de façon quasi-exclusive la glycolyse comme source d'énergie. Or nous avons récemment démontré en labora…

La dégradation des protéines et le recyclage des acides aminés est nécessaire pour le maintient de l'activité cellulaire. Le système ubiquitine-protéasome est un des constituants important qui assurent la protéolyse et est composé de plus de 1232 gènes. La découverte d'anomalies moléculaires au niveau de ce système dans les cellules cancéreuses et d'autres maladies (Parkinson, Alzheimer, etc.) ont soulevé un fort intérêt thérapeutique. Plusieurs molécules ciblant diverses protéines de ce système sont présentement en essai clinique, dont la molécule CC0651 qui inhibe l'activité de Cdc34a.

Les universités canadiennes forment plus de 1,5 million d’étudiants dont environ 8% proviennent des seize universités du Canada atlantique. Selon l’Association des Universités et Collèges du Canada (AUCC), les retombées économiques de l’activité de ce secteur sont considérables et se chiffrent à  30 milliards de dollars par année pour le Canada. Or, l’Association des Universités de l’Atlantique (AAU) a révélé une diminution des inscriptions étudiantes dans la plupart des universités de l’atlantique Canadien, et ce durant les deux dernières années. Ceci pourrait menacer le fonctionnement de…

La voie de signalisation Ras/MAPK régule plusieurs fonctions biologiques, incluant la croissance et la prolifération cellulaire. Cette voie est souvent dérégulée dans le cancer, incluant la plupart des cas de mélanome. RSK (p90 ribosomal S6 kinase) est une protéine kinase activée par la voie Ras/MAPK qui est nécessaire à la croissance des mélanomes, mais relativement peu est connu sur sa fonction exacte et la nature de ses substrats.Nous avons utilisé une approche en phosphoprotéomique quantitative pour définir les réseaux de signalisation régulés par RSK. Nous avons défini le conse…

L’énergie éolienne représente aujourd’hui une source d’énergie verte qui joue un rôle important dans le domaine de l’énergie électrique. Les éoliennes  situées dans des zones de climat froid sont affectées par le phénomène de givrage. L’accrétion de glace sur les pales, et l’infiltration du froid dans la structure sont à l’origine de pannes et d’usures prématurées. Un fonctionnement avec une forte accumulation de glace peut endommager l’éolienne et représenter un danger pour la sécurité à cause des jets de glace. Ces effets peuvent diminuer considérablement la production, et être responsab…

Le système ubiquitine-protéasome (UPS) contrôle la dégradation, l'activité et/ou la localisation de plusieurs protéines suite à la conjugaison de la petite protéine ubiquitine par l'intermédiaire d'une cascade d'enzymes nommées E1, E2 et E3 (1200 au total). La famille d'enzymes SCF E3 comprend plusieurs récepteurs appelés F-box qui recrutent des substrats d'ubiquitination en impliquant un complexe composé de l'adaptateur Skp1, la cullin CUL1 et la protéine RING domain nommé Rbx1; cette dernière fournissant le site de liaison pour l'enzyme E2 Cdc34A. Plusieurs protéines F-box jouent un rôl…

Les nouvelles technologies sont une avenue prometteuse pour le maintien à domicile des personnes avec des troubles cognitifs. Au laboratoire DOMUS, plusieurs outils d’assistance ont été développés pour faciliter la prise de rendez-vous, le téléphone à des proches et l’assistance pas à pas d’activités. Ces outils sont adaptés suivant la clientèle. Les prototypes sont conçus selon une approche centrée utilisateur avec une conception itérative et des études d’utilisabilité fréquentes. Ajoutés aux résultats de ces études, les chercheurs cliniciens évaluent l’impact de l’utilisation de ces ou…

L'immunopeptidome du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (iCMH I) regroupe les peptides présentés par les molécules du CMH I et permet dedistinguer les cellules saines des cellules infectées ou cancéreuses. Les peptides de l'iCMH I sont issus de la dégradation des protéines intracellulaires et plusieurs études protéomiques ont identifié des protéines issues de la traduction de cadres de lecture alternatifs suggèrant que la complexité du protéome pourrait être sous-estimée. Nous avons développé une nouvelle méthode couplant MS et séquençage d'ARN de nouvelle génération afin de …

La maladie de Fabry est une maladie lysosomale liée à l'X qui est caractérisée par l'accumulation de glycosphingolipides tels le globotriaosylcéramide (Gb3) et le globotriaosylphingosine (lyso-Gb3) dans les liquides biologiques et au niveau de certains organes. La thérapie enzymatique de  remplacement (TER) est possible selon la gravité des symptômes. Les objectifs de cette étude étaient de découvrir de nouveaux biomarqueurs urinaires et plasmatiques liés au lyso-Gb3 qui reflètent la sévérité et la progression de la maladie. Nous avons utilisé une approche métabolomique afin d'identifier d…

En vidéo-surveillance, la capacité de détecter et de suivre une cible en temps réel représente un objectif important pour garantir la sécurité d’un périmètre dans des zones sensibles. De plus, avoir la possibilité de suivre l’objectif en temps réel et obtenir sa position en 3D peut s’avérer une information d’un intérêt capital pour le personnel de sécurité. Ce travail présente un système de suivi 3D et en temps réel basé sur la stéréovision. Le système de caméras stéréo est positionné sur une plateforme Pan-Tilt pour permettre le suivi en continu de la cible détectée. La technique des filtres…

L'étude de l'échelle mésoscopique montre que plusieurs propriétés de la matière évoluent d'un régime discret à un régime continu. Cette transition s'observe, par exemple, en étudiant les interactions se produisant à deux longueurs d'échelle différentes. Par exemple, il est possible d'imaginer ce type de transition en étudiant l'évolution du concept d'une roue moléculaire sur différentes longueurs d'échelle. Plus la taille de cette augmente moins la granulosité de sa structure fine est en fait perceptible. C'est l'étude de cette transition qui motive les travaux présentés ici. Nous nous int…

La mise au point de médicaments est une entreprise couteuse et laborieuse. Depuis quelques années, l'application de simulations informatiques a permis d'améliorer la conception de nouveaux médicaments et la compréhension de leurs modes d'action et.  Notre laboratoire combine le développement de logiciels, la synthèse organique et la biochimie pour à la fois développer de nouveaux logiciels plus fiables, rapides et faciles d'utilisation et les appliquer au développement de nouvelles molécules à visées thérapeutiques notamment dans le domaine des maladies neurodégénératives et des cancers. A…

Nous avons développé une méthode pour ajuster, de façon automatique, une fonction universelle à des surfaces de potentiel pour des systèmes ayant jusqu'à plusieurs dizaines d'atomes.     La fonction consiste en une somme d'énergies de cohésion atomiques dépendantes de l'environnement chimique. L'usager n'a besoin de définir aucun des termes de cette fonction. La méthlode fonctionne pour les systèmes  où les interactions ioniques sont assez faibles. Autrement, il n'y a pas de contraintes sur le type de système qu'on peut traiter. Nos tests montrent que le coût pour évaluer la fonction est 3…

Le récepteur de l'élastine (RE) est un complexe trimérique constitué de l'association de 3 protéines : l'EBP (Elastin Binding Protein), la protéine protectrice cathépsine A et la neuraminidase-1. Ce récepteur hétérodimérique est impliqué dans le métabolisme de divers ligands et présente un mécanisme d'action très spécifique et compliqué mettant en jeu une cascade de processus dans le cadre de l'interaction avec les molécules d'élastine, de tropoélastine ou des peptides issus de leurs dégradations. Ce récepteur de l'élastine participe également activement aux phénomènes de signalisation cel…

Les propriétés de nanoparticules représentatives des domaines du carbone amorphe et graphitique ont été étudiées par calculs de chimie quantique, utilisant la très populaire théorie de la fonctionelle de la densité (density-functional theory – DFT) ainsi que la théorie du champ auto-consistant multi-références (complete-active space self-consistent field - CASSCF). Ils'avère que le caractère semi-métallique des nanoparticules de carbone prédit par la DFT, c'est-à dire la pseudo-dégénerescence énergetique d'états de spin, est de fait confirmé par les calculs CASSCF, une théorie certes plus …

Un rapport de progrès vers la modélisation multi-échelles de réactions chimiques dans des milieux complexes sera présenté. Selon le progrès des différents projets, on traitera le processus de transcription, la génération de l'ARN-méssager, par l'enzyme ARN-polymérase, d'une part, et le transfert d'électrons entre protéines, d'autre part. On mettra au foyer la façon de faire fonctionner plusieurs méthodologies dans une approche systémique: chimie quantique (théorie de la fonctionelle de la densité et méthodes semi-empiriques), dynamique moléculaire, méthodes QM/MM, Monte Carlo cinétique, mé…

La très célèbre double hélice de l'ADN est capable de modifier profondément les propriétés photo-physiques de certains chromophores. Les spectres d'absorption ou d'émission UV/Visible peuvent subir des variations en intensité et/ou en longueur d'onde en fonction de la présence de brin d'ADN dans la solution par exemple. La molécule d'ADN est aussi responsable du spectaculaire effet d'interrupteur lumineux que l'on rencontre pour certains complexes de métaux de transition. En présence d'ADN ces complexes peuvent émettre de la lumière alors qu'ils en sont incapables en solution ou vice versa…

Un modèle simple de protéine immergée dans un solvant implicite est analysé. Dans le modèle, les monomères interagissent par des potentiels discontinus dont la forme simple permet l'identification de la structure.  Il est supposé que les interactions rapides de monomère-solvant fournissent un frottement suffisant pour que le mouvement des monomères obéisse à l'équation de Smoluchowski. Il est démontré par simulation que la vitesse des transitions entre les configurations de la chaîne est bien décrite par la solution de temps moyen de premier passage. En intégrant les vitesses de transition…

La perméation sélective des ions à travers les membranes des cellules excitables est à l'origine de la génération et de la régulation des signaux électriques dans tous les organismes vivants. Ainsi, les canaux sodiques dépendant du potentiel (NaV) sont responsables de l'initiation et de la propagation du potentiel d'action dans les myocytes cardiaques, les neurones et les cellules endocrines. L'élucidation récente de la structure cristalline du canal sodique bactérien NaVAb ouvre la voie à des études visant à identifier les bases moléculaires de la conduction des ions…