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Les universités canadiennes forment plus de 1,5 million d’étudiants dont environ 8% proviennent des seize universités du Canada atlantique. Selon l’Association des Universités et Collèges du Canada (AUCC), les retombées économiques de l’activité de ce secteur sont considérables et se chiffrent à  30 milliards de dollars par année pour le Canada. Or, l’Association des Universités de l’Atlantique (AAU) a révélé une diminution des inscriptions étudiantes dans la plupart des universités de l’atlantique Canadien, et ce durant les deux dernières années. Ceci pourrait menacer le fonctionnement de…

La température est l'une des variables fondamentales à laquelle les cellules sont exposées. Bien que la réponse cellulaire à des températures élevées a été étudié depuis plusieurs années, les événements de signalisation cellulaire impliqués dans l'adaptation aux changements thermiques restent méconnus. Nous présentons ici les résultats d'une étude phosphoprotéomique a grande échelle portant sur les variations de phosphorylation suite aux changements thermique (chaud et au froid) chez Saccharomyces cerevisiae. Notre approche a permis de mesurer les changements se produisant lors des …

L’énergie éolienne représente aujourd’hui une source d’énergie verte qui joue un rôle important dans le domaine de l’énergie électrique. Les éoliennes  situées dans des zones de climat froid sont affectées par le phénomène de givrage. L’accrétion de glace sur les pales, et l’infiltration du froid dans la structure sont à l’origine de pannes et d’usures prématurées. Un fonctionnement avec une forte accumulation de glace peut endommager l’éolienne et représenter un danger pour la sécurité à cause des jets de glace. Ces effets peuvent diminuer considérablement la production, et être responsab…

Une nouvelle stratégie métabolomique a été développée pour l'analyse de métabolites porteurs de fonction amine. Son principe repose sur un étiquettage isotopique des métabolites grâce à une réaction de dérivatisation, et sur l'analyse des dérivés formés parLC-HRMS.Son potentiel a été démontré dans un contexte biologique à l'aide d'un modèle cellulaire (souche HL60) de stress oxidatif.Deux séries de suspensions cellulaires (n=5)définissaient deux états biologiques différents: une série contrôle (non  traitée) et une série mimant un état de stress oxidatif (traitée au peroxyde d'hydro…

Les nouvelles technologies sont une avenue prometteuse pour le maintien à domicile des personnes avec des troubles cognitifs. Au laboratoire DOMUS, plusieurs outils d’assistance ont été développés pour faciliter la prise de rendez-vous, le téléphone à des proches et l’assistance pas à pas d’activités. Ces outils sont adaptés suivant la clientèle. Les prototypes sont conçus selon une approche centrée utilisateur avec une conception itérative et des études d’utilisabilité fréquentes. Ajoutés aux résultats de ces études, les chercheurs cliniciens évaluent l’impact de l’utilisation de ces ou…

L'insulino-résistance est associée à plusieurs anomalies métaboliques telles que l'hypertriglycéridémie, l'hyperinsulinémie, l'hypertension artérielle et est un facteur de risque majeur pour le développement du diabète. Des études d'expression génique montrent que certains gènes impliqués dans le métabolisme des lipides sont différentiellement exprimés chez les insulino-résistants par rapport aux des individus insulino-sensibles. Par conséquent, notre objectif est de comparer la performance de différentes techniques protéomiques de quantification telles que: iTRAQ, SWATH et MRM chez des su…

En vidéo-surveillance, la capacité de détecter et de suivre une cible en temps réel représente un objectif important pour garantir la sécurité d’un périmètre dans des zones sensibles. De plus, avoir la possibilité de suivre l’objectif en temps réel et obtenir sa position en 3D peut s’avérer une information d’un intérêt capital pour le personnel de sécurité. Ce travail présente un système de suivi 3D et en temps réel basé sur la stéréovision. Le système de caméras stéréo est positionné sur une plateforme Pan-Tilt pour permettre le suivi en continu de la cible détectée. La technique des filtres…

La capacité à fournir une mesure pronostique rapide de l'état clinique est importante dans lecadre des soins intensifs (unités d'urgence et de chirurgie). La rapidité d'intervention et la mise en œuvre d'une stratégie thérapeutique peuvent faire la différence entre la vie et la mort. Aussi, nous avons développé une méthode de micro extraction in vivo sur phase solide (SPME), qui combine la préparation de l'échantillon, un arrêt métabolique et une extraction. Nous avons évalué cette méthode  pour surveiller la fonction du greffon à différents stades de la procédure médicale lor…

Valider une nouvelle approche dans le domaine du génie logiciel est toujours considérée comme une activité pernicieuse pour n’importe quel chercheur œuvrant dans ce domaine. Dans cette communication nous visons à mettre en lumière les défis rencontrés, en tant que chercheur, lors de la validation de l’approche et l’outil BScrum.BScrum est une nouvelle approche de gestion des exigences logicielles basée sur les buts d’affaires dans un contexte de gestion de projets agiles. Elle vise à améliorer la perspective d’affaires dans les projets agiles basés sur Scrum. Pour valider BScrum, un …

La leucémie promyélocitaire aiguë (APL) est caractérisée par une accumulation anormale de promyélocytes. La forme prédominante de cette maladie est due à une translocation chromosomique résultant en la fusion des gènes codants pour les protéines promyelocytic leukemia (PML) et retinoic acid receptor α (RARα) lequel donne lieu a un arrêt de la différentiation myélocytaire au stade promyélocyte. Une des stratégies présentement utilisée pour traiter l'APL est l'utilisation du trioxide d'arsenic (ATO), lequel induit l'apoptose des cellules leucémiques via la SUMOylation de la protéine PML. Cet…

Les robots manipulateurs industriels sont très présents dans différentes applications industrielles où la flexibilité est nécessaire ou lorsque les tâches répétitives sont présentes. Ces systèmes sont conçus pour obtenir une répétabilité optimale et peu d'attention est accordée à l'aspect de la précision.Au cours des dernières années, nous assistons à un gain d'intérêt dans l'industrie aérospatiale pour l'utilisation de robots industriels dans les applications où une plus grande précision est nécessaire. A cet effet, de nombreuses solutions ont été proposées au cours des dernières a…

La protéine kinase mTOR (mammalian target of rapamycin) favorise la croissance et la prolifération cellulaire en régulant la traduction des ARNm et en augmentant la capacité de la cellule à synthétiser des protéines. Bien que mTOR favorise la traduction de façon globale, son activité semble être particulièrement requise pour la traduction de certaines classes d'ARNm codant pour des protéines impliquées dans la croissance cellulaire.Afin de mieux comprendre les mécanismes associés à cette régulation spécifique, nous avons caractérisé le complexe protéique s'associant à la coiffe des …

Prédire la structure 3D des protéines soluble et ARN à large échelle est un défi pour la biologie. Prédire les propriétés thermodynamiques et structurales à partir de la séquence est un autre défi sans le super-ordinateur Anton et avec très peu de cœurs de calcul. Comprendre les effets hydrodynamiques et de l'encombrement macromoléculaire sur le repliement et la stabilité des protéines a de nombreuses implications sur le fonctionnement de la cellule. Enfin de façon remarquable, des mutations dans le peptide beta-amyloïde accélère ou protège contre la maladie d'Alzheimer. Dans cet exposé, j…

La microscopie à effet tunnel (STM) est l'une des techniques les plus puissantes pour explorer les propriétés électroniques des surfaces et des espèces adsorbées en montrant des caractéristiques à l'échelle atomique. La production d'images STM par voie numérique nécessite quelques étape au-delà d'un calcul de structure électronique, déjà un problème en O(N3). Résoudre le problème inverse en imagerie STM serait de proposer une structure géométrique du système en analysant seulement les contrastes STM observés. Bien qu'il s'agisse d'un objectif à long terme, les quelques étapes préliminaires…

Le polynorbornène fonctionnalisé est employé dans de nombreuses applications [A.P. Sokolov, V.N. Novikivet B. Strube, Phys. Rev; B,1997, 56, 5042; D. Richter, B. Frick et B. Farago, Phys. Rev Lett,1988, 61, 2465]. Il présente notamment un potentiel intéressant d'utilisation au sein des piles à combustible. Cet intérêt lui vient de ses propriétés physiques très intéressantes. Il possède notamment une température de transition vitreuse (Tg) très élevée. Cependant, la détermination expérimentale de cette température est difficile du fait de complications lors de la …

Les réactions à transfert de protons sont omniprésentes en chimie et biochimie, mais leurs mécanismes au niveau moléculaire restent encore controversés. La principale difficulté dans l'étude expérimentale de ces réactions est leur rapidité, ce qui fait que l'acte chimique est dynamiquement couplé a d'autres phénomènes rapides comme la diffusion et nécessite l'utilisation des techniques spectroscopiques résolues à une échelle de 1 femtoseconde. Nous utilisons la technique computationnelle appelée dynamique moléculaire ab initio, ce qui permet de calculer la dynamique des atomes durant une r…

Nous discuterons de méthodes théoriques qui permettent l'étude de la dynamique moléculaire quantique de systèmes complexes. Parmi ces systèmes figurent les agrégats superfluides et les molécules confinées dans des nano-cavitées. Les méthodes d'intégrales de chemin permettent de simuler ce type de systèmes de façon très efficace et précise en tenant compte d'effets quantiques statistiques tels l'échange de bosons identiques. Les effets d'échange sont essentiel pour décrire des phénomènes comme la superfluidité. Nous démontrerons que la réponse superfluide d'un solvant quantique aux rotation…

Nous présentons une méthode de paramétrage de modèles semi-empiriques décrivant des réactions de transfert de proton dans des amas de molécules d'eau. Deux nouveaux modèles sont développés: AM1-W, qui est un re-paramétrage du modèle classique AM1, et AM1PG-W, qui est une version modifiée du modèle AM1 incluant une correction à la fonction de répulsion de coeur. Ces deux modèles démontrent une très bonne performance pour les énergies des liaisons hydrogène et pour les profils d'énergie de transfert de proton, qui sont des propriétés de haute importance pour les processus de transfert de pro…

Certains aspects de l'énantiosélectivité en chimie organique restent à être explorés de façon théorique et numérique. La réduction de cétones par le borane catalysée par un catalyseur de Corey-Bakshi-Shibata (CBS) chiral est une réaction énantiosélective bien établie expérimentalement qui constitue un bon point de départ pour l'investigation de complexes d'oxazaborolidine et de borane avec une cétone prochirale. Bien que des calculs de chimie quantique aient déjà été rapportés pour cette réaction, l'origine de la sélectivité demeure inexpliquée.Nous rapportons, en variant les substi…

L'endonucléase ERCC1-XPF est un des complexes enzymatiques essentiels pour la réparation de l'ADN. Plus spécifiquement, ERCC1-XPF est responsable de l'excision de l'élément de l'ADN endommagé dans le processus de réparation par excision de nucléotides, ou NER. Ce processus est le principal mécanisme de réparation des lésions causées par agents alkylants comme le cisplatine, utilisé dans le traitement du cancer. Des niveaux élevés d'expression du ERCC1 ont été attribués à la résistance, intrinsèque ou acquise, des cellules tumorales au cisplatine. La protéine XPA, qui est aussi impli…

Nous présenterons diverses extensions de la  méthode  Density Functional Tight Binding (DFTB) ainsi que ses combinaisons avec des algorithmes de simulation intensive, notamment  les progrès algorithmiques pour traiter les  grands systèmes,  l' utilisations de la DFTB dans  des simulations  nécessitant un grand nombre de calcul de l'énergie et/ou des forces,  la combinaison de la méthode DFTB avec la dynamique quantique  PIMD  (intégrales de chemins), des approches vers le calcul  des états excités.  Les applications porteront sur la simulation de propriétés  d'agrégats et complexes molécul…

Idéalement, la conception rationnelle de médicaments peut s'appuyer sur la structure rayon-X de la cible thérapeutique. Dans un tel cas, un ligand biologiquement actif peut être amélioré par l'optimisation des interactions protéine-ligand. Le rôle de l'eau comme agent liant ou déstabilisant est souvent négligé. Or, selon plusieurs études, une majorité de structures rayon-X rapportent au moins une molécule d'eau qui unit le ligand à la protéine et participe directement à la complexation. Il arrive souvent que la résolution crystallographique ne permette pas d'identifier les sites aqueux. Ce…