Parce que j'aime
élaborer de nouvelles stratégies pour étudier les microbes.

Frédéric Raymond

Université Laval
Parce que j'aime
élaborer de nouvelles stratégies pour étudier les microbes.

Frédéric Raymond

Université Laval
Au fil des années, mon intérêt pour la génomique et l'informatique m'ont mené à approcher la microbiologie sous l'angle de la bio-informatique. Je m'intéresse en particulier au diagnostic des maladies infectieuses, à la génomique comparative et à la métagénomique. L'analyse de données complexes est pour moi un défi stimulant. Actuellement, je participe à un projet ayant pour objectif de concevoir des outils pour évaluer le potentiel de résistance des microbes à de nouveaux antibiotiques. Pour ce faire, nous utilisons une approche métagénomique pour évaluer l'impact de la prise d'antibiotiques sur la flore microbienne et le résistome (les gènes de résistance) d'un individu avant et après la prise d'antibiotiques. En plus de mon travail scientifique, je m'intéresse à la littérature québécoise. En 2011, j'ai cofondé La Maison des viscères, une maison d'édition spécialisée en horreur littéraire francophone.

Mes intérêts de recherche

  • Génomique
  • Bio-informatique
  • Microbiologie
  • Diagnostic moléculaire
  • Métagénomique

Mes recherches en images

Mes publications

Raymond F, Ouameur AA, Déraspe M, Iqbal N, Gingras H, Dridi B, Leprohon P, Plante PL, Giroux R, Bérubé È, Frenette J, Boudreau DK, Simard JL, Chabot I, Domingo MC, Trottier S, Boissinot M, Huletsky A, Roy PH, Ouellette M, Bergeron MG, Corbeil J. The initial state of the human gut microbiome determines its reshaping by antibiotics. ISME J. 2015 Sep 11. doi: 10.1038/ismej.2015.148.

Vilacoba E., C. Quiroga, M. Pistorio, A. Famiglietti, H. Rodríguez, J. Kovensky, M. Déraspe, F. Raymond, P. Roy et D. Centron. 2014. « A blaVIM-2 plasmid disseminating in extensively drug-resistant cliniCIHR Frederick Banting and Charles Best Canada Graduate Scholarships – Doctoral Awardcal Pseudomonas aeruginosa and Serratia marcescens isolates ». Antimicrob Agents Chemother. 2014 Nov;58(11):7017-8.

Lévesque S., P.-L. Plante, N. Mendis, P. Cantin, G. Marchand, H. Charest, F. Raymond, C. Huot, I. Goupil-Sormany, F. Desbiens, S. P. Faucher, J. Corbeil et C. Tremblay. 2014. « Genomic characterization of a large outbreak of Legionella pneumophila serogroup 1 strains in Quebec City, 2012 ». PLoS One. 10.1371/journal.pone.0103852.

Mukherjee A, S. Boisvert, R. L. Monte-Neto, A. C. Coelho, F. Raymond,R. Mukhopadhyay, J. Corbeil et M. Ouellette. « Telomeric gene deletion and intrachromosomal amplification in antimony-resistant Leishmania. » Mol Microbiol. 2013 Apr;88(1):189-202.

Boisvert S., F. Raymond,E. Godzaridis, F. Laviolette et J. Corbeil. « Ray Meta: scalable de novo metagenome assembly and profiling. » Genome Biol. 2012 Dec 22;13(12):R122.

Gervaix A., J. Taguebue, B. N. Bescher, J. Corbeil, F. Raymond, G. Alcoba, M. Kobela et E. Tetanye. « Bacterial meningitis and pneumococcal serotype distribution in children in cameroon. » Pediatr Infect Dis J. 2012 Oct;31(10):1084-7.

Papenburg J., M.-È. Hamelin, N. Ouhoummane, J. Carbonneau, M. Ouakki, F. Raymond,L. Robitaille, J. Corbeil, G. Caouette, L. Frenette, G. De Serres et G. Boivin. « Comparison of risk factors for human metapneumovirus and respiratory syncytial virus disease severity in young children. » J Infect Dis. 2012 Jul 15;206(2):178-89.

Raymond F., S. Boisvert, G. Roy, J.-F. Ritt, D. Légaré, A. Isnard, M. Stanke, M. Olivier, M. Tremblay, B. Papadopoulou, M. Ouellette et J. Corbeil. 2011. « Genome sequencing of the lizard parasite Leishmania tarentolae reveals loss of genes associated to the intracellular stage of human pathogenic species ». Nucl. Acids Res. First published online October 13, 2011.

Raymond F., J. Carbonneau, N. Boucher, L. Robitaille, S. Boisvert, W. K. Wu, G. De Serres, G. Boivin et J. Corbeil. 2009. « Comparison of automated microarray detection with real-time PCR assays for detection of respiratory viruses in specimens obtained from children ». J. Clin. Microbiol. 47:743-750.

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Rochette A., F.Raymond, J. M. Ubeda, M. Smith, N. Messier, S. Boisvert, P. Rigault, J. Corbeil, M. Ouellette et B. Papadopoulou. 2008. « Genome-wide gene expression profiling analysis of Leishmania major and Leishmania infantum developmental stages reveals substantial differences between the two species ». BMC Genomics. 9:255.

Ubeda J. M., D. Légaré, F.Raymond, A. A. Ouameur, S. Boisvert, P. Rigault, J. Corbeil, M. J. Tremblay, M. Olivier, B. Papadopoulou et M. Ouellette. 2008. « Modulation of gene expression in drug resistant Leishmania is associated with gene amplification, gene deletion and chromosome aneuploidy ». Genome. Biol. 9:R115.

Hivin P., J. Basbous, F. Raymond, D. Henaff, C. Arpin-André, V. Robert-Hebmann, B. Barbeau et J. M. Mesnard. 2007. « The HBZ-SP1 isoform of human T-cell leukemia virus type I represses JunB activity by sequestration into nuclear bodies ». Retrovirology. 4:14.

Peytavi R., F. Raymond, D. Gagné, F. J. Picard, G. Jia, J. Zoval, M. Madou, K. Boissinot, M. Boissinot, L. Bissonnette, M. Ouellette et M. G. Bergeron. 2005. « Microfluidic device for rapid (<15 min) automated microarray hybridization ». Clinical Chemistry. 51:1836-1844.

Peytavi R., L. Y. Tang, F. Raymond, K. Boissinot, L. Bissonnette, M. Boissinot, F. J. Picard, A. Huletsky, M. Ouellette et M. G. Bergeron. 2005. « Correlation between microarray DNA hybridisation efficiency and the position of short capture probe on the target nucleic acid ». Biotechniques. 39:89-96.

Raymond F., H. A. Ho, R. Peytavi, L. Bissonnette, M. Boissinot, F. J. Picard, M. Leclerc et M. G. Bergeron. 2005. « Detection of target DNA using fluorescent cationic polymer and peptide nucleic acid probes on solid support ». BMC Biotechnology. 5:10.

Mes prix et distinctions

  • 2011- Bourse MITACS Accelerate
  • 2006-2009 Bourse d’études supérieures du Canada des Instituts de recherche en santé du Canada
  • 2004-2005 Bourse de l’Ambassade de France au Canada